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- PDB-5yth: Structure of large fragment of DNA Polymerase I from Thermus aqua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yth
タイトルStructure of large fragment of DNA Polymerase I from Thermus aquaticus Host-Guest complex with the unnatural base M-fC pair with dG
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*(92F)P*GP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
  • DNA polymerase I, thermostable
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA / REPLICATION / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Zeng, H. / Mondal, M. / Song, R.Y. / Zhang, J. / Xia, B. / Gao, Y.Q. / Yi, C.Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the National Basic Research Foundation of China Grant2014CB964900 中国
the National Natural Science Foundation of China Grants31270838 and 21522201 中国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2019
タイトル: Unnatural Cytosine Bases Recognized as Thymines by DNA Polymerases by the Formation of the Watson-Crick Geometry.
著者: Zeng, H. / Mondal, M. / Song, R. / Zhang, J. / Xia, B. / Liu, M. / Zhu, C. / He, B. / Gao, Y.Q. / Yi, C.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年6月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*(92F)P*GP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1327
ポリマ－69,4843
非ポリマー6484
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.273, 109.273, 91.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 60865.887 Da / 分子数: 1 / 断片: large fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*(DOC))-3')


分子量: 3633.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*(92F)P*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4985.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 79分子

#4: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.05 M sodium cacodylate (pH 7.0), 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate, 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→94.63 Å / Num. obs: 20264 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.76
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DFK

4dfk


解像度: 2.53→94.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 39.249 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.786 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27457 1059 5 %RANDOM
Rwork0.20369 ---
obs0.20724 20264 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.53→94.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4266 573 39 75 4953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0185044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.8926958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.981310579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8835542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14122.217203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.51915755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8841554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4623.1062159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4623.1062158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8014.6592698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8014.6592699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4533.1392884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4533.1382885
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7994.6864259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.73725.65849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.73625.5995850
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 77 -
Rwork0.346 1465 -
obs--97.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6702-0.23510.13671.55190.02982.40910.07960.0898-0.0378-0.0944-0.0765-0.08210.2302-0.4842-0.00310.26130.00780.00080.21410.00340.009-19.7322107.08275.3823
20.0465-0.161-0.23392.0518-0.53123.4384-0.00350.04020.03670.163-0.036-0.5078-0.36640.23770.03950.21-0.0415-0.01810.3416-0.05450.1386-16.0521115.310819.2789
31.4348-0.66620.89473.54970.56124.60530.0774-0.49380.16820.5575-0.1560.26540.1216-0.44020.07860.2102-0.08790.03560.316-0.0510.1036-17.9641111.735121.4242
40.41881.5748-2.27725.9367-8.682513.7194-0.0767-0.1484-0.1614-0.2288-0.5062-0.58150.10310.00160.58290.34580.06790.0820.68260.1490.3219-29.0769101.26836.213
50.49520.3285-0.16331.24090.060.47150.070.06820.05640.0366-0.1002-0.07990.0967-0.13110.03020.22370.0529-0.01370.23970.03220.0502-19.7673107.31719.329
68.900710.82333.355637.6569-24.690835.0633-0.08750.1260.04310.5593-1.5908-1.3631-0.77332.07721.67830.3492-0.0683-0.0920.477-0.14350.326-29.7555104.21581.073
71403.8867614.3006620.289322.222241.0528312.24933.33611.0647-9.42420.90230.1947-2.54632.38680.6021-3.53080.46180.11060.0680.48270.09210.5429-17.9378119.63029.0441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A294 - 832
2X-RAY DIFFRACTION2B101 - 111
3X-RAY DIFFRACTION2B112
4X-RAY DIFFRACTION3C201 - 216
5X-RAY DIFFRACTION4A901
6X-RAY DIFFRACTION5A1001 - 1061
7X-RAY DIFFRACTION5B201 - 203
8X-RAY DIFFRACTION5C301 - 311
9X-RAY DIFFRACTION6A902 - 903
10X-RAY DIFFRACTION7A904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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