PDB-5yrd: Crystal Structure of Oxidized Cypovirus Polyhedra R13A/S193C/A194...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yrd

タイトル

Crystal Structure of Oxidized Cypovirus Polyhedra R13A/S193C/A194C Mutant

要素

Polyhedrin

キーワード

VIRAL PROTEIN / In vivo protein crystal / polyhedra / disulfide bond

機能・相同性

Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / Polyhedrin

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2018
タイトル: Supramolecular protein cages constructed from a crystalline protein matrix
著者: Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T.

履歴

登録	2017年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yrd.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yrd.ent.gz	47.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/5yrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yr1C 5yr9C 5yraC 5yrbC 5yrcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yr1-1 5yra-1 5yrc-1 5yr9-1 5yrb-1 5axu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyhedrin

ヘテロ分子

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
345 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.620, 103.620, 103.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Polyhedrin / C-polyhedrin 分子量: 28454.484 Da / 分子数: 1 / 変異: R13A,S193C,A194C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P11041
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.5 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In vivo crystallization in the cytoplasm of the cell, temperature 300 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.3 Å / Num. obs: 14365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 5.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 4.387 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	1580	9.9 %	RANDOM
R_work	0.16202	-	-	-
obs	0.1677	14365	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.85→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1965	0	20	110	2095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.926	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.038	3	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.173	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.677	23.86	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.337	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.659	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.21	1.576	965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.209	1.576	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	2.357	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.826	2.358	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.896	1.857	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.895	1.857	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.966	2.684	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.326	13.364	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.278	13.298	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	116	-
R_work	0.286	1045	-
obs	-	-	99.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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