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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yra | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cypovirus Polyhedra R13A/S193C/A194C Mutant | |||||||||
![]() | Polyhedrin | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / In vivo protein crystal / polyhedra | |||||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / Polyhedrin![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Supramolecular protein cages constructed from a crystalline protein matrix 著者: Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28454.484 Da / 分子数: 1 / 変異: R13A,S193C,A194C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11041 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.68 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In vivo crystallization in the cytoplasm of the cell, temperature 300 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→42.34 Å / Num. obs: 15866 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / Net I/σ(I): 6.51 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.79→42.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.773 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.521 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.79→42.34 Å
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拘束条件 |
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