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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yr9 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cypovirus Polyhedra R13A/E73C/Y83C Mutant | |||||||||
![]() | Polyhedrin | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / In vivo protein crystal / polyhedra / disulfide bond | |||||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / Polyhedrin![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Supramolecular protein cages constructed from a crystalline protein matrix 著者: Negishi, H. / Abe, S. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Niwase, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F. / Mori, H. / Ueno, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28320.355 Da / 分子数: 1 / 断片: R13A,E73C,Y83C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11041 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.14 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: in cell 詳細: In vivo crystallization in the cytoplasm of the cell, temperature 300 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→36.68 Å / Num. obs: 18547 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / Net I/σ(I): 8.49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.272 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→36.68 Å
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拘束条件 |
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