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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yqp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the second StARkin domain of Lam4 | ||||||
![]() | Membrane-anchored lipid-binding protein LAM4 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ligand binding domain / sterol / lipid transport / LTC3 / Lam4 / StARkin | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular sterol transport / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / sterol transfer activity / sterol binding / cortical endoplasmic reticulum / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tong, J. / Manik, K.M. / IM, Y.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of sterol recognition and nonvesicular transport by lipid transfer proteins anchored at membrane contact sites 著者: Tong, J. / Manik, M.K. / Im, Y.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21295.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288c / 遺伝子: LAM4, LTC3, YHR080C / プラスミド: pHIS2-Thr 詳細 (発現宿主): An N-terminal hexa-histidine tag fusion 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Bicine-NaOH pH 9.0, 30% PEG1500, 0.1M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 37918 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 51.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 1880 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5YQJ 解像度: 1.7→27.232 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.05
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.232 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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