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万見
- PDB-5yo3: Crystal Structure of B562RIL with engineered disulfide bond V16C-A29C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yo3
タイトルCrystal Structure of B562RIL with engineered disulfide bond V16C-A29C
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / hemoprotein / fusion partner / helix bundle
機能・相同性Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / Soluble cytochrome b562
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pu, M. / Xu, Z. / Song, G. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Protein crystal quality oriented disulfide bond engineering.
著者: Pu, M. / Xu, Z. / Peng, Y. / Hou, Y. / Liu, D. / Wang, Y. / Liu, H. / Song, G. / Liu, Z.J.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2935
ポリマ－11,9081
非ポリマー3844
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area6170 Å2
2
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,58510
ポリマ－23,8172
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.328, 50.126, 94.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

SO4

21A-327-

HOH

31A-386-

HOH

41A-468-

HOH

51A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / B562RIL / Cytochrome b-562


分子量: 11908.384 Da / 分子数: 1 / 変異: M7W, V16C, A29C, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: NH4(SO4), Bicine, N-octanoylsucrose / PH範囲: 9.0-9.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.118 Å / Num. obs: 10312 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.76 Å2 / Net I/σ(I): 55.71
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2289)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M6T

1m6t


解像度: 1.7→47.118 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 1032 10.01 %
Rwork0.155 --
obs0.1583 10312 95.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数832 0 20 196 1048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5521190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.21552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003157
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.78980.26961150.19321027X-RAY DIFFRACTION75
1.7898-1.90190.2291410.17091271X-RAY DIFFRACTION93
1.9019-2.04870.21541520.1681371X-RAY DIFFRACTION100
2.0487-2.25490.18781530.14581378X-RAY DIFFRACTION100
2.2549-2.58120.16631540.151380X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-3.25190.18271570.1511416X-RAY DIFFRACTION100
3.2519-47.13660.1781600.1521437X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.4812 Å / Origin y: 3.0592 Å / Origin z: -11.2233 Å
111213212223313233
T0.1102 Å20.0038 Å20.0102 Å2-0.1029 Å20.0174 Å2--0.1092 Å2
L0.6879 °20.5342 °20.7969 °2-1.5831 °21.1908 °2--1.8775 °2
S0.0027 Å °0.0024 Å °0.0077 Å °-0.0769 Å °-0.0207 Å °0.0281 Å °-0.0261 Å °-0.066 Å °0.0467 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and resid 0 through 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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