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- PDB-5yo2: The crystal structure of Rv2747 from Mycobacterium tuberculosis i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yo2
タイトルThe crystal structure of Rv2747 from Mycobacterium tuberculosis in complex with Acetyl CoA and L-Arginine
要素Amino-acid acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamate N-acetyltransferase activity / L-methionine N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / arginine biosynthetic process via ornithine / N-acetyltransferase activity / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Amino-acid N-acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / ARGININE / Amino-acid acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.997 Å
データ登録者Singh, E. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Pal, R.K. / Srinivasan, A. / Gourinath, S. / Das, U.
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the substrate binding mechanism of novel ArgA from Mycobacterium tuberculosis
著者: Das, U. / Singh, E. / Dharavath, S. / Tiruttani Subhramanyam, U.K. / Pal, R.K. / Vijayan, R. / Menon, S. / Kumar, S. / Gourinath, S. / Srinivasan, A.
履歴
登録2017年10月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.32019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino-acid acetyltransferase
B: Amino-acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5265
ポリマ－41,3662
非ポリマー1,1603
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.773, 79.773, 115.388
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...
22(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain CC200
211chain FF200
112(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A9 - 23
122(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A24
132(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A6 - 173
142(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A6 - 173
152(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A6 - 173
162(chain A and (resid 9 through 23 or (resid 24...A6 - 173
212(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B9 - 106
222(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B107
232(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B9 - 174
242(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B9 - 174
252(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B9 - 174
262(chain B and (resid 9 through 106 or (resid 107...B9 - 174

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Amino-acid acetyltransferase / N-acetylglutamate synthase / NAGS


分子量: 20682.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Genomic DNA
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2747 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O33289, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.75 Å / Num. obs: 7975 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 180968 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.18230.912842712380.9670.1940.9314.298.8
8.99-46.7517.60.045628135610.0110.0464999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.997→32.809 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 385 4.86 %
Rwork0.219 7530 -
obs0.2204 7915 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.41 Å2 / Biso mean: 47.1693 Å2 / Biso min: 28.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.997→32.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2581 0 133 0 2714
Biso mean--68.1 --
残基数----334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6613700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8451595
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12X-RAY DIFFRACTION6.439TORSIONAL
12B12X-RAY DIFFRACTION6.439TORSIONAL
21A1938X-RAY DIFFRACTION6.439TORSIONAL
22B1938X-RAY DIFFRACTION6.439TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9971-3.43040.30721270.24992435256299
3.4304-4.32040.24041340.216324562590100
4.3204-32.81110.22421240.207526392763100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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