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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ynq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MERS-CoV nsp16/nsp10 complex bound to SAH and m7GpppG | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / complex / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA capping enzyme complex / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation ...mRNA capping enzyme complex / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell membrane / viral genome replication / methyltransferase activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / methylation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / membrane / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Guo, D.Y. / Fan, C.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the molecular mechanism of MERS Coronavirus RNA ribose 2'-O-methylation by nsp16/nsp10 protein complex 著者: Wei, S.M. / Yang, L. / Ke, Z.H. / Liu, Q.Y. / Yang, Z.Z. / Chen, Y. / Guo, D.Y. / Fan, C.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5yn5C ![]() 5yn6C ![]() 5yn8C ![]() 5ynbC ![]() 5ynfC ![]() 5yniC ![]() 5ynjC ![]() 5ynmC ![]() 5ynnC ![]() 5ynoC ![]() 5ynpC ![]() 3r24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33737.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14902.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf1ab / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 171分子 ![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/GTG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GTG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-GTG / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 5000 ME, 5% Tascimate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→48.4 Å / Num. obs: 81914 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.96 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3576 / CC1/2: 0.843 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3r24 解像度: 1.958→45.349 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.958→45.349 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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