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- PDB-5ynh: Crystal structure of Pullulanase from Klebsiella pneumoniae compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ynh
タイトルCrystal structure of Pullulanase from Klebsiella pneumoniae complex at 10 mM gamma-cyclodextrin
要素PulA protein
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / pullulanase / Klebsiella pneumoniae / crystal / gamma-cyclodextrin / co-crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulanase / pullulanase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain ...Pullulanase, Ins domain / Pullulanase Ins domain / Pullulanase, carbohydrate-binding module 41 / Bacterial pullanase-associated domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase, N2 domain / Alpha-1,6-glucosidases, pullulanase-type, C-terminal / Pullulanase N2 domain / Rab geranylgeranyltransferase alpha-subunit, insert domain / Immunoglobulin-like - #1110 / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Carbohydrate-binding-like fold / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
gamma-cyclodextrin / pullulanase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Saka, N. / Iwamoto, H. / Takahashi, N. / Mizutani, K. / Mikami, B.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H04909 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Elucidation of the mechanism of interaction between Klebsiella pneumoniae pullulanase and cyclodextrin
著者: Saka, N. / Iwamoto, H. / Malle, D. / Takahashi, N. / Mizutani, K. / Mikami, B.
履歴
登録2017年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PulA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2429
ポリマ－119,3191
非ポリマー2,9238
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area37300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.206, 89.206, 298.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PulA protein / Pullulanase


分子量: 119318.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 参照: UniProt: W9BQ28
#2: 多糖 Cyclooctakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / gamma-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: gamma-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,8,8/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a1-h4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M magnesium sulfate, 20%(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 76149 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09923 / Net I/σ(I): 19.04
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4279 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 7539 / CC1/2: 0.936 / % possible all: 99.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FGZ

2fgz


解像度: 2.05→49.67 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 3878 5.09 %
Rwork0.205 --
obs0.2077 76130 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8075 0 187 349 8611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89911591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8725067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.07510.37251330.27642550X-RAY DIFFRACTION99
2.0751-2.10130.31471330.2752552X-RAY DIFFRACTION100
2.1013-2.1290.36631430.2662527X-RAY DIFFRACTION99
2.129-2.15820.33711480.262521X-RAY DIFFRACTION100
2.1582-2.1890.32751550.25472527X-RAY DIFFRACTION99
2.189-2.22170.33461510.24542542X-RAY DIFFRACTION99
2.2217-2.25640.29371340.24932544X-RAY DIFFRACTION99
2.2564-2.29340.32861390.24132562X-RAY DIFFRACTION99
2.2934-2.33290.32121500.2392532X-RAY DIFFRACTION100
2.3329-2.37530.31081370.23992532X-RAY DIFFRACTION99
2.3753-2.4210.29011170.23392565X-RAY DIFFRACTION99
2.421-2.47040.29881350.23472555X-RAY DIFFRACTION99
2.4704-2.52410.32261430.24762562X-RAY DIFFRACTION99
2.5241-2.58290.3131090.24482569X-RAY DIFFRACTION99
2.5829-2.64750.32311430.23932520X-RAY DIFFRACTION98
2.6475-2.7190.32491350.23942552X-RAY DIFFRACTION98
2.719-2.7990.30891180.23312576X-RAY DIFFRACTION98
2.799-2.88940.27981300.23652564X-RAY DIFFRACTION98
2.8894-2.99260.28491450.22642535X-RAY DIFFRACTION98
2.9926-3.11240.26931480.22212531X-RAY DIFFRACTION98
3.1124-3.25410.28311650.22562561X-RAY DIFFRACTION99
3.2541-3.42560.24521420.20992588X-RAY DIFFRACTION98
3.4256-3.64010.25381490.19242568X-RAY DIFFRACTION99
3.6401-3.92110.2021220.18032650X-RAY DIFFRACTION99
3.9211-4.31550.19021260.15982653X-RAY DIFFRACTION100
4.3155-4.93950.19071360.14332693X-RAY DIFFRACTION100
4.9395-6.22130.20241470.1662721X-RAY DIFFRACTION100
6.2213-49.68410.17161450.15482900X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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