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- PDB-5ymx: Myxococcus xanthus MglA in GDP bound conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ymx
タイトルMyxococcus xanthus MglA in GDP bound conformation
要素Mutual gliding-motility protein MglA
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / Small Ras-like GTPase / Cytosolic / Myxococcus motility protein / spatial oscillation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Mutual gliding-motility protein MglA
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Baranwal, J. / Gayathri, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
INSPIREIFA12-LSBM52 インド
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Allosteric regulation of a prokaryotic small Ras-like GTPase contributes to cell polarity oscillations in bacterial motility.
著者: Baranwal, J. / Lhospice, S. / Kanade, M. / Chakraborty, S. / Gade, P.R. / Harne, S. / Herrou, J. / Mignot, T. / Gayathri, P.
履歴
登録2017年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutual gliding-motility protein MglA
B: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2989
ポリマ－46,0312
非ポリマー1,2677
水7,638424
1
A: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7085
ポリマ－23,0151
非ポリマー6934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
2
B: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5904
ポリマ－23,0151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.340, 68.610, 89.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mutual gliding-motility protein MglA


分子量: 23015.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア)
株: DK 1622 / 遺伝子: mglA, MXAN_1925 / プラスミド: pHis17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1DB04, small monomeric GTPase

-
非ポリマー , 5種, 431分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% 2-Methyl 2,4-pentane diol (MPD), 10% PEG 4000, 100mM Imidazole, pH 8.0
PH範囲: 6.5 - 8.0 / Temp details: plates kept in an incubator at 291 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nil
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月9日 / 詳細: Bent collimating mirror and torroid
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→32.03 Å / Num. obs: 91269 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 8 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 13188 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.294 / Rrim(I) all: 0.791 / Rsym value: 0.791 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T12

3t12


解像度: 1.35→28.924 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1787 4587 5.04 %
Rwork0.1505 --
obs0.152 91051 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→28.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 82 424 3651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8784614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3831267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36530.3121450.25612848X-RAY DIFFRACTION100
1.3653-1.38140.32011620.25722837X-RAY DIFFRACTION100
1.3814-1.39830.24671430.20292906X-RAY DIFFRACTION100
1.3983-1.4160.22161440.18282840X-RAY DIFFRACTION100
1.416-1.43460.22511570.17692847X-RAY DIFFRACTION100
1.4346-1.45420.22321570.17912859X-RAY DIFFRACTION100
1.4542-1.4750.19751400.17962872X-RAY DIFFRACTION100
1.475-1.4970.19051610.15672847X-RAY DIFFRACTION100
1.497-1.52040.1811590.16682837X-RAY DIFFRACTION100
1.5204-1.54530.1951730.14962854X-RAY DIFFRACTION100
1.5453-1.5720.16311270.12582885X-RAY DIFFRACTION100
1.572-1.60060.14241520.12072892X-RAY DIFFRACTION100
1.6006-1.63140.19341400.13112852X-RAY DIFFRACTION100
1.6314-1.66460.17161540.12972864X-RAY DIFFRACTION100
1.6646-1.70080.16991440.13662884X-RAY DIFFRACTION100
1.7008-1.74040.19041530.1292884X-RAY DIFFRACTION100
1.7404-1.78390.1681600.12692868X-RAY DIFFRACTION100
1.7839-1.83210.18121530.12892875X-RAY DIFFRACTION100
1.8321-1.8860.17391640.13462893X-RAY DIFFRACTION100
1.886-1.94690.20421370.14912889X-RAY DIFFRACTION100
1.9469-2.01650.1691600.13772893X-RAY DIFFRACTION100
2.0165-2.09720.18771590.14622876X-RAY DIFFRACTION100
2.0972-2.19260.17431610.14242907X-RAY DIFFRACTION100
2.1926-2.30820.17141430.14592901X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.45270.16091570.14712911X-RAY DIFFRACTION100
2.4527-2.6420.19251500.15542928X-RAY DIFFRACTION100
2.642-2.90760.18551580.15832938X-RAY DIFFRACTION100
2.9076-3.32780.16361550.15082948X-RAY DIFFRACTION100
3.3278-4.19070.14781680.13352963X-RAY DIFFRACTION99
4.1907-28.93050.19231510.17222866X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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