PDB-5ylo: Structural of Pseudomonas aeruginosa PA4980

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ylo

タイトル

Structural of Pseudomonas aeruginosa PA4980

要素

Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

キーワード

HYDROLASE / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Liu, L. / Li, T. / Peng, C.T. / Li, C.C. / Xiao, Q.J. / He, L.H. / Wang, N.Y. / Bao, R.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of a Delta3, Delta2-enoyl-CoA isomerase from Pseudomonas aeruginosa: implications for its involvement in unsaturated fatty acid metabolism.
著者: Liu, L. / Li, T. / Peng, C.T. / Sun, C.Z. / Li, C.C. / Xiao, Q.J. / He, L.H. / Wang, N.Y. / Song, Y.J. / Zhu, Y.B. / Li, H. / Kang, M. / Tang, H. / Xiong, X. / Bao, R.

履歴

登録	2017年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.2	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ylo.cif.gz	142.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ylo.ent.gz	116.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ylo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ylo_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ylo_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	5ylo_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5ylo_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5ylo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5ylo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qmj-1 5ldd-2 3gem-d 4i5d-2 6as5-d 5cg2-1 2ddh-d 3f1j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
87.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.958, 124.958, 111.468
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-424- HOH
2	1	A-437- HOH
3	1	A-451- HOH

#1: タンパク質	Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 28769.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA4980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUI5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 3.0M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.391→38.822 Å / Num. obs: 20824 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.5 % / Net I/σ(I): 29.4375
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→38.82 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 27.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	1999	9.6 %
R_work	0.238	-	-
obs	0.241	20824	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→38.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1736	0	18	72	1826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.747	634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	269
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3909-2.4507	0.3776	136	0.3708	1278	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4507-2.517	0.3574	140	0.3354	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.591	0.3532	140	0.3375	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.6746	0.3663	140	0.3184	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6746-2.7702	0.3197	140	0.3047	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7702-2.8811	0.3155	142	0.2913	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8811-3.0122	0.3149	140	0.2901	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0122-3.1709	0.2744	142	0.2567	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1709-3.3695	0.303	142	0.2221	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3695-3.6295	0.2514	143	0.2287	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6295-3.9944	0.2398	144	0.1974	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9944-4.5716	0.2271	145	0.1888	1353	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5716-5.7567	0.2255	147	0.1929	1391	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7567-38.8275	0.2515	158	0.2251	1495	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.728	-1.4667	-3.9967	1.8924	1.5441	6.269	0.0049	0.513	0.1916	-0.1443	1.3119	-0.1689	-0.6172	1.0272	-0.6004	0.489	-0.1195	-0.226	1.0532	0.0059	0.6746	-27.0632	47.1875	-6.6978
2	2.468	0.2965	1.4712	4.3281	0.4502	4.272	0.1687	-0.0139	-0.0623	-0.0472	-0.3762	-0.6531	-0.5861	1.1284	0.2048	0.4531	-0.238	-0.0765	1.0417	0.1378	0.66	-34.8204	47.6208	-11.8248
3	4.3327	-2.3265	-0.5491	6.6514	-0.7345	4.9645	0.1528	0.157	0.5077	-0.2561	-0.4566	-0.5347	-1.3848	0.9169	0.276	0.7977	-0.3973	-0.1768	0.8669	0.0199	0.5911	-39.407	55.0854	-13.5577
4	2.3719	-0.4383	1.969	8.1632	-1.3766	3.8012	0.0131	0.4777	-0.0941	-1.022	-0.3679	-0.2361	0.1581	0.7082	0.1287	0.2905	-0.1307	-0.0877	0.5671	0.1097	0.4096	-43.0252	43.8704	-15.9574
5	4.6912	-0.1923	1.1276	2.3134	-1.2971	2.8602	0.0875	-0.4694	0.0588	0.4097	-0.1495	0.0124	-0.5239	0.1945	0.0834	0.5663	-0.121	-0.0296	0.4389	-0.0527	0.3812	-53.5897	48.3139	-4.7355
6	6.6099	0.7007	2.4346	3.878	0.4001	8.3223	0.1963	-0.0711	-0.6255	0.3265	-0.198	-0.46	0.4601	1.441	-0.0844	0.3305	-0.0695	-0.0007	0.5046	0.1957	0.5151	-42.5742	31.9626	-7.1198
7	6.9889	3.3651	-3.0881	7.4705	-0.0414	4.4644	-0.8544	0.9936	-0.2689	-1.5614	0.454	-1.1036	0.6273	0.1724	0.0955	0.6915	0.0271	-0.0447	0.3358	-0.0317	0.4253	-56.2723	22.8565	-24.1367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 13 THROUGH 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 85 THROUGH 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 108 THROUGH 187 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 188 THROUGH 222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 223 THROUGH 235 )

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