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- PDB-5yl7: Proteases from Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717 (Pro21717) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yl7
タイトルProteases from Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717 (Pro21717)
要素
  • Copurified unknown peptide
  • Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717
キーワードHYDROLASE / Serine protease / psychrophilic bacterium / Pseudoalteromonas arctica
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase MprA-like catalytic domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily ...Peptidase MprA-like catalytic domain / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas arctica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lee, J.H. / Lee, C.W.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a cold-active protease (Pro21717) from the psychrophilic bacterium, Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717, at 1.4 angstrom resolution: Structural adaptations to cold ...タイトル: Crystal structure of a cold-active protease (Pro21717) from the psychrophilic bacterium, Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717, at 1.4 angstrom resolution: Structural adaptations to cold and functional analysis of a laundry detergent enzyme
著者: Park, H.J. / Lee, C.W. / Kim, D. / Do, H. / Han, S.J. / Kim, J.E. / Koo, B.H. / Lee, J.H. / Yim, J.H.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717
B: Copurified unknown peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2576
ポリマ－35,0972
非ポリマー1604
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.948, 74.562, 83.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717


分子量: 34823.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Catalytic domain of protease from the psychrophilic bacterium
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas arctica (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A290S6P3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Copurified unknown peptide


分子量: 273.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudoalteromonas arctica (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS DO NOT KNOW THE SEQUENCE OF THE CHAIN B. THESE THREE ALANINE RESIDUES ARE A CO-PURIFIED ...THE AUTHORS DO NOT KNOW THE SEQUENCE OF THE CHAIN B. THESE THREE ALANINE RESIDUES ARE A CO-PURIFIED (SEQUENCE UNKNOWN) PEPTIDE LOCATED IN SUBSTRATE BINDING POCKET OF OUR PRO21717 PROTEASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.16M magnesium chloride, 0.08M Tris-HCl buffer pH 8.5, 24% PEG4000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 58245 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13.8 % / Net I/σ(I): 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.587 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15529 2939 5.1 %RANDOM
Rwork0.12999 ---
obs0.13128 55253 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 4 595 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0192431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3711.9243328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1634818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3495340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18325.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.09415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.009159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0750.7711366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0720.771365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5161.1591704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5161.161705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1940.8991065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1930.91066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.011.2971625
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.79614.1463169
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.40411.4152885
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.399→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 207 -
Rwork0.137 4008 -
obs--97.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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