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万見
- PDB-5ykp: Human methionine aminopeptidase type 1b (F309M mutant) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ykp
タイトルHuman methionine aminopeptidase type 1b (F309M mutant) in complex with ovalicin
要素Methionine aminopeptidase 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / selective inhibition / Streptococcal pneumoniae / Enterococcus feacalis
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / protein maturation / aminopeptidase activity / platelet aggregation / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / protein maturation / aminopeptidase activity / platelet aggregation / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of translation / proteolysis / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger C6H2-type profile. / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 ...Zinc finger C6H2-type profile. / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Chem-OVA / Methionine aminopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Arya, T. / Pillalamarri, V. / Addlagatta, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science and TechnologyEMR/2015/000461 インド
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Discovery of natural product ovalicin sensitive type 1 methionine aminopeptidases: molecular and structural basis.
著者: Pillalamarri, V. / Arya, T. / Haque, N. / Bala, S.C. / Marapaka, A.K. / Addlagatta, A.
履歴
登録2017年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7746
ポリマ－34,2601
非ポリマー5145
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.713, 77.398, 47.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 1 / MetAP 1 / Peptidase M 1


分子量: 34260.043 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 81-384 / 変異: F309M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53582, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-OVA / 3,4-DIHYDROXY-2-METHOXY-4-METHYL-3-[2-METHYL-3-(3-METHYL-BUT-2-ENYL) -OXIRANYL]-CYCLOHEXANONE / OVALICIN


分子量: 298.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M Hepes pH-6.0, 19% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→27 Å / Num. obs: 39533 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.68-1.743.20.50138920.8140.3230.5990.98499.2
1.74-1.813.50.439430.8770.2530.4761.043100
1.81-1.893.50.30139650.9280.1890.3571.051100
1.89-1.993.60.22339360.9540.1390.2631.033100
1.99-2.123.60.16839360.9710.1040.1981.004100
2.12-2.283.60.1439750.9750.0860.1650.984100
2.28-2.513.70.11539310.9830.070.1350.994100
2.51-2.873.70.08939490.9890.0540.1040.954100
2.87-3.623.70.06239820.9940.0380.0731.021100
3.62-273.70.04440240.9970.0260.0510.97699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.435
最高解像度最低解像度
Rotation23.74 Å1.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-3000データ収集
DENZO2.3.1データ削減
SCALEPACK2.2.0データスケーリング
MOLREP11.5.05位相決定
Coot0.8.8モデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GZ5

2gz5


解像度: 1.68→23.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.376 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.0944 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: MOLECULAR REPLCEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 1840 4.7 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
obs0.1768 37665 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.55 Å2 / Biso mean: 28.03 Å2 / Biso min: 14.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å2-0 Å21.93 Å2
2---2.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→23.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 25 212 2637
Biso mean--27.29 30.66 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.6573480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.461.5725443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.895326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9521.079139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73315428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1421521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02540
LS精密化 シェル解像度: 1.673→1.717 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 143 -
Rwork0.353 2504 -
all-2647 -
obs--90.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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