PDB-5ykk: Antimicrobial peptide Andersonin-Y1 (AY1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ykk

タイトル

Antimicrobial peptide Andersonin-Y1 (AY1)

要素

Andersonin-Y1 (AY1)

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / CYANA 2.1

生物種

Odorrana andersonii (カエル)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Pal, I. / Atreya, H.S. / Bhunia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: A Peptide-Nanoparticle System with Improved Efficacy against Multidrug Resistant Bacteria.
著者: Pal, I. / Bhattacharyya, D. / Kar, R.K. / Zarena, D. / Bhunia, A. / Atreya, H.S.

履歴

登録	2017年10月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ykk.cif.gz	136.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ykk.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ykk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ykk_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ykk_full_validation.pdf.gz	535.4 KB	表示
XML形式データ	5ykk_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	5ykk_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5ykk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5ykk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yklC 5ykqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qb0-d 5ykl-d 2l0g-d 6lf5-d 1hcw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36124AY1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Andersonin-Y1 (AY1)

2.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Andersonin-Y1 (AY1) 分子量: 2162.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Odorrana andersonii (カエル)
配列の詳細	Reference: Journal of proteome research, PMID:22029824

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	Sample state: isotropic / タイプ: 2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: lyophilized powder / 内容: 2 mM PEPTIDE, 90% H2O/10% D2O / Label: NA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: PEPTIDE / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 2 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 76 mmHg / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
XEASY	Bartels et al.	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
XEASY	Bartels et al.	chemical shift assignment
XEASY	Bartels et al.	peak picking

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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