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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yk5 | ||||||
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タイトル | structure of the human Lamtor4-Lamtor5 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / cellular signal transduction pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cell size / Macroautophagy ...positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cell size / Macroautophagy / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of TORC1 signaling / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / response to virus / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, G. / Mu, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2017 タイトル: Structural insight into the Ragulator complex which anchors mTORC1 to the lysosomal membrane 著者: Mu, Z. / Wang, L. / Deng, W. / Wang, J. / Wu, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yk5.cif.gz | 139.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yk5.ent.gz | 109.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yk5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5yk5_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5yk5_full_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5yk5_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5yk5_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/5yk5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9195.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9346.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504 |
#3: タンパク質 | 分子量: 9051.334 Da / 分子数: 1 / Mutation: E10A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1 |
#4: タンパク質 | 分子量: 9133.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504 |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.72 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 3.5M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 22500 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Net I/σ(I): 20.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 14.694 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.03→50 Å
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拘束条件 |
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