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- PDB-5yk3: human Ragulator complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yk3
タイトルhuman Ragulator complex
要素(Ragulator complex protein ...) x 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / cellular signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / fibroblast migration / lysosome localization ...regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / fibroblast migration / lysosome localization / MTOR signalling / endosome organization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Amino acids regulate mTORC1 / kinase activator activity / protein localization to membrane / endosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of cell size / lysosome organization / Macroautophagy / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / TORC1 signaling / tertiary granule membrane / RHOG GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to nutrient levels / viral genome replication / cholesterol homeostasis / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / regulation of cell growth / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein localization to nucleus / response to virus / intracellular protein localization / late endosome / late endosome membrane / GTPase binding / molecular adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / endosome membrane / membrane raft / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR2-like ...Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Wu, G. / Mu, Z.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2017
タイトル: Structural insight into the Ragulator complex which anchors mTORC1 to the lysosomal membrane
著者: Mu, Z. / Wang, L. / Deng, W. / Wang, J. / Wu, G.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
m: Ragulator complex protein LAMTOR3
l: Ragulator complex protein LAMTOR2
o: Ragulator complex protein LAMTOR5
n: Ragulator complex protein LAMTOR4
k: Ragulator complex protein LAMTOR1
C: Ragulator complex protein LAMTOR3
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
A: Ragulator complex protein LAMTOR1
H: Ragulator complex protein LAMTOR3
G: Ragulator complex protein LAMTOR2
J: Ragulator complex protein LAMTOR5
I: Ragulator complex protein LAMTOR4
F: Ragulator complex protein LAMTOR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,17315
ポリマ－169,17315
非ポリマー00
水00
1
m: Ragulator complex protein LAMTOR3
l: Ragulator complex protein LAMTOR2
o: Ragulator complex protein LAMTOR5
n: Ragulator complex protein LAMTOR4
k: Ragulator complex protein LAMTOR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7045
ポリマ－55,7045
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ragulator complex protein LAMTOR3
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
E: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
A: Ragulator complex protein LAMTOR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3645
ポリマ－56,3645
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: Ragulator complex protein LAMTOR3
G: Ragulator complex protein LAMTOR2
J: Ragulator complex protein LAMTOR5
I: Ragulator complex protein LAMTOR4
F: Ragulator complex protein LAMTOR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1055
ポリマ－57,1055
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.644, 126.644, 614.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
31k
12B
22G
32l
13C
23H
33m
14D
24I
34n
15E
25J
35o

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A78 - 161
2114F78 - 161
3114k78 - 161
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.479927, 0.862961, -0.158013), (-0.876527, -0.479256, 0.044866), (-0.037011, 0.160035, 0.986417)-94.813492, 16.3323, -6.80229
3given(-0.49393, -0.868665, -0.038144), (0.860714, -0.494689, 0.12023), (-0.123309, 0.026555, 0.992013)-32.50119, 92.749702, -5.8089
4given(1), (1), (1)
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6given(-0.516729, -0.855945, -0.018692), (0.841765, -0.511912, 0.1714), (-0.156278, 0.072834, 0.985024)-34.35947, 90.238113, -8.19798
7given(1), (1), (1)
8given(-0.486942, 0.853461, -0.185722), (-0.871401, -0.4892, 0.036661), (-0.059566, 0.17969, 0.981918)-94.060638, 17.09296, -9.25313
9given(-0.487276, -0.871353, -0.057499), (0.859787, -0.490241, 0.142933), (-0.152733, 0.020211, 0.988061)-31.249241, 91.827919, -7.38036
10given(1), (1), (1)
11given(-0.426219, 0.895635, -0.127185), (-0.899545, -0.404746, 0.164318), (0.095691, 0.184443, 0.978174)-95.642632, 2.61388, 1.26721
12given(-0.531735, -0.842858, -0.082749), (0.832534, -0.538134, 0.131523), (-0.155385, 0.001044, 0.987853)-33.270401, 89.243393, -7.1264
13given(1), (1), (1)
14given(-0.427271, 0.89248, -0.144633), (-0.904117, -0.422383, 0.064542), (-0.003488, 0.158342, 0.987378)-94.979637, 8.94703, -4.4711
15given(-0.54473, -0.83646, -0.060036), (0.830508, -0.548011, 0.099706), (-0.1163, 0.004453, 0.993204)-35.48637, 91.374367, -4.99643

-
要素

-
Ragulator complex protein ... , 11種, 15分子 mHlGonkCBEJDAFI

#1: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHA4
#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13517.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9535.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 9495.797 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q7A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 9516.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IAA8
#6: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13490.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHA4
#7: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13285.083 Da / 分子数: 1 / Mutation: V122A, S125A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#8: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504
#9: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10391.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#10: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 9573.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IAA8
#11: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.72 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M CHES, pH 9.5, 0.56 M sodium citrate tribasic, and 1.4 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→50 Å / Num. obs: 59234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / Net I/σ(I): 26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 42.11 / SU ML: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28541 2569 5 %RANDOM
Rwork0.22504 ---
obs0.22809 48813 86.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 58.331 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.36 Å2-2.68 Å20 Å2
2---5.36 Å20 Å2
3---8.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11608 0 0 0 11608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.97116003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451534
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.079151968
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X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.371311781
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded45.506511608
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A613MEDIUM POSITIONAL0.860.5
12F613MEDIUM POSITIONAL1.150.5
13k613MEDIUM POSITIONAL1.050.5
11A613MEDIUM THERMAL21.382
12F613MEDIUM THERMAL18.922
13k613MEDIUM THERMAL28.792
21B853MEDIUM POSITIONAL0.50.5
22G853MEDIUM POSITIONAL0.490.5
23l853MEDIUM POSITIONAL0.520.5
21B853MEDIUM THERMAL10.542
22G853MEDIUM THERMAL16.212
23l853MEDIUM THERMAL14.642
31C920MEDIUM POSITIONAL0.460.5
32H920MEDIUM POSITIONAL0.450.5
33m920MEDIUM POSITIONAL0.430.5
31C920MEDIUM THERMAL14.312
32H920MEDIUM THERMAL17.712
33m920MEDIUM THERMAL192
41D532MEDIUM POSITIONAL0.860.5
42I532MEDIUM POSITIONAL1.270.5
43n532MEDIUM POSITIONAL1.030.5
41D532MEDIUM THERMAL33.192
42I532MEDIUM THERMAL23.492
43n532MEDIUM THERMAL44.952
51E652MEDIUM POSITIONAL0.560.5
52J652MEDIUM POSITIONAL0.620.5
53o652MEDIUM POSITIONAL0.470.5
51E652MEDIUM THERMAL17.622
52J652MEDIUM THERMAL17.152
53o652MEDIUM THERMAL26.332
LS精密化 シェル解像度: 3.011→3.089 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 52 -
Rwork0.313 917 -
obs--23.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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