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万見
- PDB-5yj6: The exoglucanase CelS from Clostridium thermocellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yj6
タイトルThe exoglucanase CelS from Clostridium thermocellum
要素Dockerin type I repeat-containing protein
キーワードHYDROLASE / activity / cellulosome / exocellulase / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex ...Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-33O / : / Glycosyl hydrolase family 48 protein CelS
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Liu, S.Y. / Dong, S. / Li, R.M. / Feng, Y.G. / Cui, Q.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: Determination of the native features of the exoglucanase Cel48S from Clostridium thermocellum
著者: Liu, Y.J. / Liu, S. / Dong, S. / Li, R. / Feng, Y. / Cui, Q.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dockerin type I repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9382
ポリマ－74,3471
非ポリマー5911
水14,862825
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)96.003, 101.065, 58.975
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1479-

HOH

21A-1552-

HOH

31A-1593-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dockerin type I repeat-containing protein


分子量: 74347.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-666 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313 (バクテリア)
遺伝子: SAMN04515622_0728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A286AKY4, UniProt: C7ED31*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-33O / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol / Tridecaethyleneglycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-ドデカオキサオクタトリアコンタン-1,38-ジオ-ル


分子量: 590.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H54O14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 200mM sodium formate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→101.07 Å / Num. obs: 100821 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 737296 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.43-1.476.80.8583632853530.8390.3470.9272.369.2
6.4-101.076.60.023859313100.9990.010.0254997.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L2A

1l2a


解像度: 1.43→38.373 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1815 1981 1.97 %
Rwork0.1518 --
obs0.1523 100746 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.97 Å2 / Biso mean: 23.3299 Å2 / Biso min: 11.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→38.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5108 0 40 825 5973
Biso mean--48.19 33.67 -
残基数----636
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9619-0.67060.13073.32190.42230.94110.05720.165-0.0479-0.1777-0.06160.03320.0399-0.0513-0.00460.13020.0056-0.01460.1675-0.00920.0778-23.09212.6838-25.9249
21.8163-0.5076-0.07271.1028-0.16870.3448-0.00830.06940.2640.026-0.0475-0.3625-0.07340.07420.04740.1399-0.0077-0.02080.12790.0510.2287-8.593135.2163-16.2223
30.8079-0.1234-0.05830.7591-0.11910.4249-0.0257-0.0249-0.02630.0712-0.0264-0.1072-0.01830.00860.04870.09980.0045-0.02870.10030.01340.1489-12.992913.1057-5.2105
41.0856-0.50490.04632.5519-0.25570.14170.02350.10870.05740.0922-0.01150.2757-0.0363-0.0559-0.00810.13620.00820.01060.15570.01140.0672-31.762727.6926-17.8437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 119 )A28 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 253 )A120 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 254 through 564 )A254 - 564
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 565 through 663 )A565 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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