PDB-5yiy: Crystal structure of D175A mutant of Rv3272 from Mycobacterium tu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yiy

タイトル

Crystal structure of D175A mutant of Rv3272 from Mycobacterium tuberculosis

要素

CoA transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / CoA transferases / D175A / Rv3272 /

Mycobacterium (マイコバクテリウム属)

機能・相同性

転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III /

transferase activity / Probable fatty acyl-CoA transferase Rv3272

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Karade, S.S. / Pratap, J.V.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Rv3272 encodes a novel Family III CoA transferase that alters the cell wall lipid profile and protects mycobacteria from acidic and oxidative stress.
著者: Karade, S.S. / Pandey, S. / Ansari, A. / Das, S. / Tripathi, S. / Arora, A. / Chopra, S. / Pratap, J.V. / Dasgupta, A.

履歴

登録	2017年10月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yiy.cif.gz	283.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yiy.ent.gz	230.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yitC 5yx6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yx6-1 4mcx-d 5yx6-2 3rsr-d 6buh-2 6bug-1 6c9x-1 6bug-2 6buh-3 5yit-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CoA transferase

B: CoA transferase

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.678, 78.678, 251.475
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	CoA transferase 分子量: 42461.438 Da / 分子数: 2 / 変異: D175A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96877
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.07 % / 解説: Rod shaped crystal
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris pH 8.5, 100mM MgCl2, PEG 4000, 20-25% PEG 6000, 100um Octanoyl CoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.498→75.099 Å / Num. obs: 28431 / % possible obs: 94.23 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.59 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.08823 / R_rim(I) all: 0.09973 / Net I/σ(I): 9.94
反射シェル	解像度: 2.504→2.594 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.4417 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 1755 / CC_1/2: 0.726 / % possible all: 63.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000	v715.5	データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.504→49.115 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	1350	5.07 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.2037	26601	94.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.504→49.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5399	0	1	142	5542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	7529
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.479	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5043-2.5938	0.3312	81	0.3006	1669	X-RAY DIFFRACTION	63
2.5938-2.6976	0.3008	115	0.2642	2152	X-RAY DIFFRACTION	82
2.6976-2.8204	0.2828	120	0.2581	2554	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8204-2.9691	0.2781	155	0.2317	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9691-3.155	0.2508	142	0.2217	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.155-3.3986	0.2378	122	0.2089	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3986-3.7405	0.2463	164	0.1963	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7405-4.2815	0.224	162	0.1792	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2815-5.3931	0.1915	165	0.1687	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3931-49.1241	0.2031	124	0.1856	2942	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3874	0.6693	-0.3992	2.9527	-0.4917	3.1818	-0.0046	-0.3749	0.0717	0.2416	-0.0963	0.0773	-0.1627	-0.0231	0.0684	0.2719	0.0205	0.0012	0.3725	-0.1174	0.3056	-7.5722	-30.4415	-11.1217
2	1.0091	-0.0344	-0.2568	3.586	-0.038	3.2736	0.0719	-0.2836	0.0141	0.0756	-0.2708	0.6183	0.2876	-0.6576	0.1135	0.2581	-0.0683	-0.0092	0.4581	-0.1105	0.386	-17.0789	-41.8809	-14.9091
3	2.1327	-0.4049	-0.3166	2.2369	-0.2056	1.9659	-0.2016	-0.001	-0.1404	0.0049	-0.0316	0.061	0.2085	-0.1234	0.1495	0.2297	-0.028	0.0123	0.2403	-0.0282	0.2105	-3.8545	-42.9202	-27.6935
4	4.9112	1.5575	-0.9853	1.2932	-0.2916	2.0802	-0.2781	-0.2364	-0.1475	-0.363	0.0196	-0.2018	0.2642	-0.2274	0.1787	0.4413	0.073	0.0814	0.2643	0.0125	0.3589	16.0431	-41.9543	-48.8213
5	4.2771	1.7976	0.169	6.3151	-0.7532	3.5033	0.0517	0.5552	-0.0402	-0.7838	0.3563	0.8484	0.9242	-0.3429	0.0387	0.5384	-0.0158	0.0449	0.2704	-0.0478	0.4319	15.6181	-48.4751	-57.5673
6	2.2	-0.2298	-1.4815	1.3735	0.1502	2.979	0.0264	-0.3182	0.0758	0.0726	0.0736	-0.0701	0.2094	0.4097	-0.1048	0.2313	0.0131	-0.0202	0.2789	-0.0135	0.3662	18.9382	-33.7932	-38.3376
7	1.1023	-0.782	-0.6383	0.808	0.8254	0.8906	0.0433	-0.2725	0.1776	0.2497	-0.0577	-0.1221	-0.2062	0.3363	-0.1883	0.4258	-0.0385	0.0131	0.3386	-0.0847	0.3986	-1.2103	-21.4979	-14.4584
8	1.7994	0.6088	-0.4816	2.1266	-0.7348	2.7009	-0.0122	0.1595	0.194	-0.4054	-0.0114	0.0215	0.0623	-0.4282	0.0076	0.3358	0.0746	-0.0837	0.3442	-0.0183	0.3193	-9.478	-31.9753	-48.0314
9	1.9318	-0.0243	-0.1789	1.1174	-0.4245	1.6544	-0.0206	-0.0682	0.2794	-0.1466	-0.0356	-0.0085	-0.1865	-0.0587	0.0903	0.3001	0.0061	0.0153	0.2522	-0.0375	0.2614	2.3573	-28.8344	-36.0548
10	0.8574	1.4497	-0.0222	5.0624	-0.4313	1.6005	0.1672	-0.5428	0.0408	0.2646	-0.337	-0.1159	0.0727	-0.1846	0.2071	0.2706	0.0467	0.0186	0.4346	0.0268	0.3041	7.5315	-53.7305	-11.0223
11	4.6893	1.9602	0.8263	6.7732	0.9985	2.644	0.001	-0.4502	0.4614	0.6791	-0.2254	-0.2089	-0.32	0.5501	0.4339	0.4945	-0.0303	-0.1035	0.3701	0.0602	0.3841	14.5048	-51.3737	-2.9175
12	1.7787	-0.8968	0.8069	1.8742	-1.2525	2.2393	0.0899	-0.1025	-0.4062	-0.1969	0.061	0.1518	0.3161	-0.2515	-0.0576	0.3274	-0.0173	0.074	0.2492	-0.0305	0.3526	-0.3361	-57.7372	-22.3416
13	0.8368	-0.4566	0.5123	1.208	-0.6707	0.9372	0.0116	0.4189	-0.1883	-0.5556	0.0747	0.3764	0.2658	-0.6769	-0.2539	0.3889	-0.0048	-0.108	0.5822	-0.0768	0.3686	-16.4363	-39.1521	-43.6871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 145 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 146 through 222 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 277 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 278 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 299 through 355 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 356 through 394 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 107 through 222 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 223 through 277 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 278 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 299 through 359 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 360 through 393 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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