PDB-5yim: Structure of a Legionella effector

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yim

タイトル

Structure of a Legionella effector

要素

SdeA

キーワード

TRANSFERASE / monomer / multi-domain protein

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deubiquitination / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.394 Å

データ登録者

Feng, Y. / Dong, Y. / Wang, W.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis of ubiquitin modification by the Legionella effector SdeA.
著者: Dong, Y. / Mu, Y. / Xie, Y. / Zhang, Y. / Han, Y. / Zhou, Y. / Wang, W. / Liu, Z. / Wu, M. / Wang, H. / Pan, M. / Xu, N. / Xu, C.Q. / Yang, M. / Fan, S. / Deng, H. / Tan, T. / Liu, X. / Liu, ...

履歴

登録	2017年10月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yim.cif.gz	723.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yim.ent.gz	601.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yijC 5yikC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ice-2 23354 23074 12184 7bh1-d 5mrw-3 0258 5mrw-1 0917 7lc3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SdeA

C: SdeA

218 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SdeA

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SdeA

登録者が定義した集合体
109 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.650, 295.430, 194.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	SdeA 分子量: 108776.883 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 236-1194 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RCR0

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.34 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.39→50 Å / Num. obs: 55636 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 3.39→3.52 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.394→50 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 30.05 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2871	5407	5.07 %
R_work	0.2507	-	-
obs	0.2526	55636	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.394→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14129	0	0	0	14129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	19395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.063	5315
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	2191
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3945-3.433	0.4525	174	0.3944	2789	X-RAY DIFFRACTION	83
3.433-3.4734	0.4311	199	0.3773	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4734-3.5158	0.3747	161	0.3408	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5158-3.5603	0.3783	186	0.3332	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5603-3.6072	0.3261	183	0.3088	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6072-3.6566	0.3383	164	0.3027	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6566-3.7088	0.3321	179	0.288	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7088-3.7642	0.3274	193	0.2707	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7642-3.823	0.2744	168	0.27	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
3.823-3.8857	0.2872	142	0.2683	3485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8857-3.9527	0.3138	161	0.2748	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9527-4.0246	0.3088	198	0.2722	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0246-4.102	0.2852	171	0.2593	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
4.102-4.1857	0.3065	185	0.2506	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1857-4.2767	0.2829	210	0.2523	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2767-4.3762	0.3092	190	0.234	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3762-4.4856	0.2446	202	0.2292	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4856-4.6069	0.2735	150	0.2257	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6069-4.7425	0.2362	175	0.2308	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7425-4.8956	0.3388	178	0.2374	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8956-5.0705	0.303	228	0.2434	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0705-5.2735	0.2871	154	0.252	3464	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2735-5.5135	0.3245	211	0.2583	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5135-5.8042	0.3127	195	0.2769	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8042-6.1678	0.3534	177	0.2766	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1678-6.644	0.2976	133	0.2755	3429	X-RAY DIFFRACTION	99
6.644-7.3124	0.2771	186	0.2416	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3124-8.3702	0.2223	166	0.217	3342	X-RAY DIFFRACTION	99
8.3702-10.5441	0.2068	186	0.182	3369	X-RAY DIFFRACTION	99
10.5441-105.9693	0.2762	202	0.2628	3220	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.2761 Å / Origin y: 36.4883 Å / Origin z: 198.5869 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.863 Å²	-0.0715 Å²	0.0818 Å²	-	0.7283 Å²	-0.0292 Å²	-	-	0.8882 Å²
L	0.2699 °²	-0.0385 °²	-0.0524 °²	-	0.1308 °²	0.0348 °²	-	-	0.4688 °²
S	-0.0667 Å °	0.133 Å °	-0.0196 Å °	-0.0555 Å °	0.0443 Å °	-0.1496 Å °	-0.0736 Å °	0.0989 Å °	0.013 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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