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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yhr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the anti-CRISPR protein, AcrF2 | ||||||
![]() | Anti-CRISPR protein 30 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / anti-CRISPR protein | ||||||
機能・相同性 | symbiont-mediated suppression of host CRISPR-cas system / symbiont-mediated suppression of host adaptive immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / Anti-CRISPR protein 30![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Ka, D. / Bae, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: CRISPR RNA and anti-CRISPR protein binding to theXanthomonas albilineansCsy1-Csy2 heterodimer in the type I-F CRISPR-Cas system 著者: Hong, S. / Ka, D. / Yoon, S.J. / Suh, N. / Jeong, M. / Suh, J.Y. / Bae, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10791.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: orf30 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 21% (w/v) PEG 6000, 0.4 M CaCl2, 100 mM MES pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 50291 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 29.79 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 6.43 / Num. unique obs: 4925 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.594 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→23.174 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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