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- PDB-5yhb: Crystal structure of Pd(allyl)/polyhedra mutant with deletion of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yhb
タイトルCrystal structure of Pd(allyl)/polyhedra mutant with deletion of Gly192-Ala194
要素Polyhedrin
キーワードVIRAL PROTEIN / In vivo protein crystal / Polyhedra / metal complexes
機能・相同性Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / PALLADIUM ION / Palladium(II) allyl complex / Polyhedrin
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Abe, S. / Atsumi, K. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Mori, H. / Ueno, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H00827 日本
引用ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2018
タイトル: Structure of in cell protein crystals containing organometallic complexes.
著者: Abe, S. / Atsumi, K. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Mori, H. / Ueno, T.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0659
ポリマ－28,1721
非ポリマー8928
水37821
1
A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子

A: Polyhedrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19427
ポリマ－84,5163
非ポリマー2,67724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7040 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.920, 105.920, 105.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Polyhedrin / C-polyhedrin


分子量: 28172.107 Da / 分子数: 1 / 変異: deletion 192-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11041
#2: 化合物
ChemComp-PD / PALLADIUM ION


分子量: 106.420 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLL / Palladium(II) allyl complex


分子量: 147.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5Pd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.02 %
結晶化温度: 300 K / 手法: in cell / 詳細: in vivo crystallization

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 12029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 68.9 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.908 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル解像度: 2.08→2.21 Å / 冗長度: 69.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 3781 / CC1/2: 0.386 / Rrim(I) all: 14.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GQK

5gqk


解像度: 2.08→43.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.072 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24367 1190 9.9 %RANDOM
Rwork0.18824 ---
obs0.19371 10839 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1459 0 11 21 1491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.932039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11433186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3595176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4123.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52315244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4361511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7133.322710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6873.319709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0844.954881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0874.957882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7743.872795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7733.872796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8155.6261151
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.50127.6861670
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.45727.691667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 86 -
Rwork0.295 788 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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