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- PDB-5ygy: Crystal Structure of BACE1 in complex with (S)-N-(3-(2-amino-6-(f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ygy
タイトルCrystal Structure of BACE1 in complex with (S)-N-(3-(2-amino-6-(fluoromethyl)-4 -methyl-4H-1,3-oxazin-4-yl)-4-fluorophenyl)-5-cyanopicolinamide
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0B6 / IODIDE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fuchino, K. / Mitsuoka, Y. / Masui, M. / Kurose, N. / Yoshida, S. / Komano, K. / Yamamoto, T. / Ogawa, M. / Unemura, C. / Hosono, M. ...Fuchino, K. / Mitsuoka, Y. / Masui, M. / Kurose, N. / Yoshida, S. / Komano, K. / Yamamoto, T. / Ogawa, M. / Unemura, C. / Hosono, M. / Ito, H. / Sakaguchi, G. / Ando, S. / Ohnishi, S. / Kido, Y. / Fukushima, T. / Miyajima, H. / Hiroyama, S. / Koyabu, K. / Dhuyvetter, D. / Borghys, H. / Gijsen, H. / Yamano, Y. / Iso, Y. / Kusakabe, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Rational Design of Novel 1,3-Oxazine Based beta-Secretase (BACE1) Inhibitors: Incorporation of a Double Bond To Reduce P-gp Efflux Leading to Robust A beta Reduction in the Brain
著者: Fuchino, K. / Mitsuoka, Y. / Masui, M. / Kurose, N. / Yoshida, S. / Komano, K. / Yamamoto, T. / Ogawa, M. / Unemura, C. / Hosono, M. / Ito, H. / Sakaguchi, G. / Ando, S. / Ohnishi, S. / Kido, ...著者: Fuchino, K. / Mitsuoka, Y. / Masui, M. / Kurose, N. / Yoshida, S. / Komano, K. / Yamamoto, T. / Ogawa, M. / Unemura, C. / Hosono, M. / Ito, H. / Sakaguchi, G. / Ando, S. / Ohnishi, S. / Kido, Y. / Fukushima, T. / Miyajima, H. / Hiroyama, S. / Koyabu, K. / Dhuyvetter, D. / Borghys, H. / Gijsen, H.J.M. / Yamano, Y. / Iso, Y. / Kusakabe, K.I.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,68710
ポリマ－46,3931
非ポリマー1,2949
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.149, 102.149, 171.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46393.043 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-0B6 / ~{N}-[3-[(4~{S})-2-azanyl-6-(fluoranylmethyl)-4-methyl-1,3-oxazin-4-yl]-4-fluoranyl-phenyl]-5-cyano-pyridine-2-carboxamide / N-[3-[2-アミノ-4β-メチル-6-(フルオロメチル)-4H-1,3-オキサジン-4-イル]-4-フルオロフェニ(以下略)


分子量: 383.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M sodium citrate tribasic pH6.5, 0.2M ammonium iodide, 20.5%(w/v) PEG5000MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 24045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.345.50.52911800.762199.7
2.34-2.385.50.49511720.762199.6
2.38-2.435.50.45511780.768199.8
2.43-2.485.50.40911790.777199.8
2.48-2.535.50.37211810.793199.7
2.53-2.595.50.32211890.862199.9
2.59-2.665.50.29111690.845199.8
2.66-2.735.50.27311980.865199.8
2.73-2.815.50.23711970.9281100
2.81-2.95.50.20711821.0151100
2.9-35.50.16512051.058199.9
3-3.125.50.13911851.158199.7
3.12-3.265.50.12111981.252199.8
3.26-3.445.50.10112161.317199.7
3.44-3.655.50.07912051.487199.5
3.65-3.935.40.06412121.6199.5
3.93-4.335.40.05712191.665199.1
4.33-4.955.30.04912191.777198.7
4.95-6.245.30.05412521.778197.8
6.24-504.80.04413092.124194.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å32.82 Å
Translation32.82 Å3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W50

1w50


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.179 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.2747 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.216
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 2428 10.1 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1957 21583 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.27 Å2 / Biso mean: 40.327 Å2 / Biso min: 20.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.03 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2940 0 51 199 3190
Biso mean--55.51 41.23 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.9544165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0535379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35823.582134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20615456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5841517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212347
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 179 -
Rwork0.239 1539 -
all-1718 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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