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- PDB-5ygj: Crystal structure of a synthase from Streptomyces sp. CL190 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ygj
タイトルCrystal structure of a synthase from Streptomyces sp. CL190
要素Cyclolavandulyl diphosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / substrate binding / Cyclolavandulyl diphosphate synthase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid membrane organization / Z-farnesyl diphosphate synthase activity / dehydrodolichyl diphosphate synthase activity / polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / response to cold / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclolavandulyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: Catalytic Role of Conserved Asparagine, Glutamine, Serine, and Tyrosine Residues in Isoprenoid Biosynthesis Enzymes.
著者: Malwal, S.R. / Gao, J. / Hu, X. / Yang, Y. / Liu, W. / Huang, J.W. / Ko, T.P. / Li, L. / Chen, C.C. / O'Dowd, B. / Khade, R.L. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2017年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
B: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
C: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
D: Cyclolavandulyl diphosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5104
ポリマ－97,5104
非ポリマー00
水63135
1
A: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
C: Cyclolavandulyl diphosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7552
ポリマ－48,7552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
2
B: Cyclolavandulyl diphosphate synthase
D: Cyclolavandulyl diphosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7552
ポリマ－48,7552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.525, 118.436, 88.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-308-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cyclolavandulyl diphosphate synthase


分子量: 24377.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. (strain CL190) (バクテリア)
株: CL190 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X5IYJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % / Mosaicity: 0.911 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaAc, HEPES, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.648→25 Å / Num. obs: 24803 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.574 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.743.40.36424160.9240.2270.4291.47796.3
2.74-2.853.50.30324670.9460.1880.3571.45999.7
2.85-2.983.50.21624870.9740.1340.2551.54499.9
2.98-3.143.50.16225030.9830.1010.1911.60799.8
3.14-3.343.50.10224740.9910.0630.1211.72499.8
3.34-3.593.50.06725030.9950.0420.0791.8299.9
3.59-3.953.50.05224850.9970.0330.0621.81199.8
3.95-4.523.50.04724770.9950.030.0561.66999.2
4.52-5.693.40.04424820.9960.0290.0531.39698.7
5.69-253.40.03125090.9990.020.0371.20198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XK3

5xk3


解像度: 2.648→24.912 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 1258 5.08 %
Rwork0.2092 --
obs0.2122 24781 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.648→24.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6477 0 0 35 6512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6918952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.313958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6476-2.75350.4261330.32232534X-RAY DIFFRACTION96
2.7535-2.87870.36911420.27712622X-RAY DIFFRACTION100
2.8787-3.03020.37141430.26132612X-RAY DIFFRACTION100
3.0302-3.21970.32291440.26972622X-RAY DIFFRACTION100
3.2197-3.46760.36371410.22852611X-RAY DIFFRACTION100
3.4676-3.81550.27461490.20542633X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-4.3650.22711490.19012613X-RAY DIFFRACTION99
4.365-5.48980.20631300.17672619X-RAY DIFFRACTION99
5.4898-24.91320.22951270.19052657X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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