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- PDB-5yf2: Crystal structure of CARNMT1 bound to anserine and SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yf2
タイトルCrystal structure of CARNMT1 bound to anserine and SAH
要素Carnosine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SAM / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


carnosine N-methyltransferase / carnosine N-methyltransferase activity / carnosine metabolic process / Histidine catabolism / L-histidine catabolic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carnosine N-methyltransferase / Carnosine N-methyltransferase / N2227 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8V3 / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Carnosine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Cao, R. / Li, H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for histidine N1 position-specific methylation by CARNMT1.
著者: Cao, R. / Zhang, X. / Liu, X. / Li, Y. / Li, H.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carnosine N-methyltransferase
B: Carnosine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5209
ポリマ－84,9092
非ポリマー1,6127
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.690, 127.690, 320.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-695-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carnosine N-methyltransferase


分子量: 42454.281 Da / 分子数: 2 / 断片: methyltransferase domain (UNP RESIDUES 53-409) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARNMT1, C9orf41 / プラスミド: pHisGB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4J0, carnosine N-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-8V3 / (2~{S})-2-(3-azanylpropanoylamino)-3-(3-methylimidazol-4-yl)propanoic acid / アンセリン


分子量: 240.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.32 % / Mosaicity: 0.385 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 16% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.2 M CaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 38194 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 2.091 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.91.03618670.5380.5781.1911.58899.1
2.85-2.93.90.84219070.5760.4680.9671.55899.2
2.9-2.963.90.69218690.6860.3830.7941.53499.1
2.96-3.023.90.57718890.7250.3220.6631.56599.1
3.02-3.083.90.49218760.7880.2760.5671.59199
3.08-3.153.90.43819040.820.2450.5041.58999.1
3.15-3.233.80.36418780.8560.2030.4191.61898.8
3.23-3.323.90.28418910.9060.1580.3261.66698.8
3.32-3.423.90.23819060.9330.1330.2741.77598.8
3.42-3.533.90.19819000.9540.1110.2281.97998.8
3.53-3.653.80.15418870.9690.0860.1772.10398.6
3.65-3.83.80.14418940.970.0820.1672.1498.3
3.8-3.973.80.12819190.9780.0730.1482.45198.4
3.97-4.183.80.11118970.9830.0630.1282.56998.1
4.18-4.443.80.09219220.9860.0530.1072.8498.1
4.44-4.793.70.08519260.9880.0490.0992.96197.8
4.79-5.273.70.07619180.990.0430.0882.67597.3
5.27-6.033.60.08219220.9890.0480.0952.31395.8
6.03-7.593.80.0719750.9920.0410.0822.29997.1
7.59-503.50.05420470.9930.0330.0643.14392.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.388
最高解像度最低解像度
Rotation45.25 Å2.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.802→45.244 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1836 4.81 %random selection
Rwork0.1764 ---
obs0.1786 38191 98.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.07 Å2 / Biso mean: 53.9019 Å2 / Biso min: 22.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.802→45.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5680 0 107 189 5976
Biso mean--80.87 49.64 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9678042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9273530
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8017-2.87750.31521290.25482727285698
2.8775-2.96210.30751260.24432774290099
2.9621-3.05770.27851320.23542775290799
3.0577-3.1670.3041310.23092778290999
3.167-3.29370.29591350.20862771290699
3.2937-3.44360.23791430.18462779292299
3.4436-3.62510.22881480.16462784293299
3.6251-3.85210.19581470.15532767291498
3.8521-4.14930.1721360.13862802293898
4.1493-4.56650.17691460.12842815296198
4.5665-5.22640.17681630.13162777294098
5.2264-6.58150.21531620.18682829299197
6.5815-45.25030.23561380.20342977311595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53250.4892-1.10930.6571-0.37481.1762-0.01820.17720.41520.10640.07530.0905-0.35660.0871-0.02020.4157-0.0806-0.01320.32130.09930.3802-42.922653.8815-3.1172
21.05220.4385-1.14740.7028-0.39992.5868-0.08810.0395-0.1063-0.03080.03250.00380.2232-0.09450.01750.31030.01860.02090.24340.12140.2969-51.387120.72720.2219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 58 through 409)A58 - 409
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 57 through 409)B57 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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