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- PDB-5ydp: Crystal Structure of TetR Family Repressor AlkX from Dietzia sp. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ydp
タイトルCrystal Structure of TetR Family Repressor AlkX from Dietzia sp. Strain DQ12-45-1b Implicated in Biodegradation of n-Alkanes
要素TetR transcriptional regulatory protein
キーワードGENE REGULATION / 10 alfa helices / homodimer / apo-protein
機能・相同性Tetracyclin repressor C-terminal, Actinobacteria / Bacterial Tetracyclin repressor, C-terminal domain / : / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / TetR transcriptional regulatory protein
機能・相同性情報
生物種Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.091 Å
データ登録者Zheng, H. / Gao, Y. / Liang, J.L.
引用ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of TetR Family Repressor AlkX from Dietzia sp. Strain DQ12-45-1b Implicated in Biodegradation ofn-Alkanes.
著者: Liang, J.L. / Gao, Y. / He, Z. / Nie, Y. / Wang, M. / JiangYang, J.H. / Zhang, X.C. / Shu, W.S. / Wu, X.L.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR transcriptional regulatory protein
B: TetR transcriptional regulatory protein
C: TetR transcriptional regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6653
ポリマ－78,6653
非ポリマー00
水00
1
A: TetR transcriptional regulatory protein
B: TetR transcriptional regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4432
ポリマ－52,4432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17400 Å2
手法PISA
2
C: TetR transcriptional regulatory protein

C: TetR transcriptional regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4432
ポリマ－52,4432
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.662, 179.711, 56.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))
21(chain B and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))
31(chain C and (resid 31 through 156 or resid 158 through 214))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILE(chain A and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))AA31 - 12547 - 141
12LEULEU(chain A and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))AA135 - 156151 - 172
13GLNGLN(chain A and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))AA158 - 214174 - 230
21ILEILE(chain B and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))BB31 - 12547 - 141
22LEULEU(chain B and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))BB135 - 156151 - 172
23GLNGLN(chain B and (resid 31 through 125 or resid 135 through 156 or resid 158 through 214))BB158 - 214174 - 230
31LEULEU(chain C and (resid 31 through 156 or resid 158 through 214))CC31 - 15647 - 172
32GLNGLN(chain C and (resid 31 through 156 or resid 158 through 214))CC158 - 214174 - 230

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要素

#1: タンパク質 TetR transcriptional regulatory protein / AlkX


分子量: 26221.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dietzia sp. DQ12-45-1b (バクテリア)
遺伝子: AlkwR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G3EIL4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.01M magnesium acetate, 0.05M Sodium cacodylate, 1.3M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 18667 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 32.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1.146 / Net I/av σ(I): 18.481 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 119304
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.1-3.216.50.48218530.9220.2070.5251.0299.2
3.21-3.346.40.3590.9480.1550.3921.06599.2
3.34-3.496.50.2570.9730.110.28199.5
3.49-3.686.50.1780.9840.0770.1941.01299.4
3.68-3.916.40.1260.9910.0540.1370.95599.5
3.91-4.216.40.1040.9930.0450.1130.99499.6
4.21-4.636.40.0890.9940.0380.0970.98599.7
4.63-5.36.40.0810.9950.0350.0891.09799.6
5.3-6.676.30.0850.9930.0370.0931.40699.7
6.67-506.20.0620.9970.0270.0681.96298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.091→34.152 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 28.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 918 4.99 %
Rwork0.2453 17472 -
obs0.2472 18390 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.9 Å2 / Biso mean: 26.345 Å2 / Biso min: 2.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.091→34.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4172 0 0 0 4172
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4915763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068678
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.743279
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2324X-RAY DIFFRACTION12.387TORSIONAL
12B2324X-RAY DIFFRACTION12.387TORSIONAL
13C2324X-RAY DIFFRACTION12.387TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0911-3.25390.3351300.31442392252294
3.2539-3.45760.38271210.29282458257997
3.4576-3.72430.30431340.26992501263598
3.7243-4.09850.25361320.22442510264299
4.0985-4.69030.26291320.2172536266899
4.6903-5.90430.28121360.24652522265899
5.9043-34.15360.22591330.20542553268698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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