PDB-5yde: Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-111)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yde

タイトル

Crystal structure of a disease-related gene, hCDC73(1-111)

要素

Parafibromin

キーワード

TRANSCRIPTION / Tumor suppressor / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mRNA 3'-end processing / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / mRNA 3'-end processing / stem cell population maintenance / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.023 Å

データ登録者

Sun, W. / Kuang, X.L. / Liu, Y.P. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Xu, W.Q.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of human CDC73 and its implications for the hyperparathyroidism-jaw tumor (HPT-JT) syndrome
著者: Sun, W. / Kuang, X.L. / Liu, Y.P. / Tian, L.F. / Yan, X.X. / Xu, W.

履歴

登録	2017年9月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yde.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yde.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yde_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yde_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	5yde_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5yde_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/5yde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ydfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4drq-d 2p0d-d 4drm-d 2ksu-d 6txx-1 2mkp-d 4my6-1 6xxr-2 2mpm-d 3a1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Parafibromin

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.091, 43.683, 67.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein 分子量: 12756.470 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P1J9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.22 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.02→19.4 Å / Num. obs: 109711 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 38.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.023→19.399 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.1
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1393	5518	5.03 %
R_work	0.1194	-	-
obs	0.1204	109711	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.023→19.399 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	893	0	0	284	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	978
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.505	1338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.012	385
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	172

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0233-1.0349	0.209	200	0.1716	3316	X-RAY DIFFRACTION	95
1.0349-1.0471	0.1627	150	0.1649	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0471-1.0599	0.1727	185	0.1425	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0599-1.0733	0.1508	170	0.1267	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0733-1.0874	0.136	207	0.1235	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0874-1.1023	0.1423	200	0.1194	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1023-1.1181	0.1364	178	0.1197	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1181-1.1348	0.1388	191	0.1164	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1348-1.1525	0.16	220	0.1185	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1525-1.1714	0.1148	189	0.1104	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1714-1.1916	0.1206	154	0.1049	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1916-1.2132	0.1302	203	0.1001	3476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2132-1.2366	0.1397	182	0.0992	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2366-1.2618	0.1273	171	0.1032	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2618-1.2892	0.1011	226	0.099	3493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2892-1.3192	0.1388	169	0.0997	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3192-1.3522	0.1207	150	0.1034	3511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3522-1.3888	0.1248	212	0.1022	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3888-1.4296	0.1322	163	0.1019	3479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4296-1.4757	0.1203	196	0.0944	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4757-1.5285	0.1134	182	0.0963	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5285-1.5896	0.127	201	0.0972	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5896-1.6619	0.1483	145	0.1029	3489	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6619-1.7495	0.1319	177	0.1076	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7495-1.859	0.1264	188	0.112	3450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-2.0024	0.1393	172	0.1117	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0024-2.2037	0.1375	185	0.1135	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2037-2.522	0.1296	171	0.1201	3509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.522-3.1752	0.141	189	0.1318	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1752-19.403	0.1706	192	0.1575	3458	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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