PDB-5ycf: Crystal structure of Xiphophorus maculatus adenylate kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ycf

タイトル

Crystal structure of Xiphophorus maculatus adenylate kinase

要素

Adenylate kinase isoenzyme 1

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside triphosphate adenylate kinase activity / : / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Xiphophorus maculatus (ミッキーマウスプラティ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.938 Å

データ登録者

Bae, E. / Kim, J. / Moon, S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Xiphophorus maculatus adenylate kinase
著者: Bae, E. / Kim, J. / Moon, S.

履歴

登録	2017年9月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ycf.cif.gz	170.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ycf.ent.gz	135.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ycf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ycf_validation.pdf.gz	952.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ycf_full_validation.pdf.gz	956.6 KB	表示
XML形式データ	5ycf_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	5ycf_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/5ycf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x6kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ycd-1 5xz2-2 5xz2-1 3uy9-11 3uy9-15 5ycd-2 2c95-2 3a7z-d 6yza-d 3mfj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Adenylate kinase isoenzyme 1

A: Adenylate kinase isoenzyme 1

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Adenylate kinase isoenzyme 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric
22.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Adenylate kinase isoenzyme 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.033, 79.779, 122.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase isoenzyme 1 / AK 1 / ATP-AMP transphosphorylase 1 / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Myokinase 分子量: 21195.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xiphophorus maculatus (ミッキーマウスプラティ) 遺伝子: AK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: M4AA20, adenylate kinase, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物	ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap₅A 分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₁₀O₂₂P₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Citric acid, pH 3.5, 27.5% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 30295 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.2 % / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 12.81
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 2943 / R_pim(I) all: 0.252 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X6K

5x6k

解像度: 1.938→39.889 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	1487	5.03 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1872	29539	96.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.938→39.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2908	0	114	329	3351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	4134
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.739	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	464
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9377-2.0003	0.3102	91	0.2387	1962	X-RAY DIFFRACTION	76
2.0003-2.0718	0.2984	130	0.2218	2414	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0718-2.1547	0.2713	139	0.217	2535	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1547-2.2528	0.2756	135	0.2031	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2528-2.3715	0.2753	146	0.1987	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3715-2.5201	0.2604	122	0.2023	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5201-2.7146	0.2635	150	0.2049	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7146-2.9877	0.2717	135	0.2001	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9877-3.4199	0.2621	149	0.1794	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4199-4.3079	0.2044	149	0.1482	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3079-39.8979	0.1953	141	0.1571	2826	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1149	1.1931	-0.6108	1.9882	-0.4228	1.8968	0.0914	0.1639	0.2885	0.0881	0.0061	0.2495	0.1522	-0.0125	-0.1062	0.1035	0.0099	0.0029	0.1075	0.0092	0.0978	45.2765	-6.1488	126.618
2	1.113	-0.6131	0.0875	2.2764	-0.3928	1.3471	0.0966	0.1879	0.5017	-0.0144	0.0707	0.0988	-0.0318	-0.1365	-0.1033	0.11	-0.0036	0.0279	0.1231	0.0508	0.3369	34.177	2.6392	128.3722
3	2.232	0.9258	-0.2045	3.7146	-0.4199	2.2114	0.1243	-0.3395	0.3648	0.2305	0.0318	0.2295	0.0249	0.0424	-0.1467	0.1584	-0.0191	0.034	0.1142	-0.0527	0.138	43.3966	-3.4441	137.4157
4	1.3887	0.3508	-0.5218	1.1724	0.3488	2.3948	0.1682	-0.1104	0.6008	-0.0009	0.0465	0.1112	-0.1841	0.2732	-0.1238	0.115	-0.0123	0.0159	0.1474	-0.0694	0.2897	51.423	6.0997	131.8266
5	2.1683	-0.8455	0.3098	2.5547	1.3433	1.7833	0.1953	-0.0574	0.5591	-0.4112	0.0611	0.3098	-0.44	-0.072	-0.1881	0.3031	0.0264	0.1109	0.1256	0.0549	0.3009	49.7067	6.6344	100.1362
6	1.3595	-0.6518	0.7523	1.997	1.2296	1.9167	0.2828	-0.737	0.7523	0.0056	-0.1183	0.018	-0.4174	-0.0779	0.1701	0.2328	-0.063	0.091	0.2638	-0.1474	0.2645	54.8136	6.3462	110.2145
7	1.9846	-1.1043	0.532	1.0952	0.3654	2.0966	0.4299	-0.852	0.2726	0.218	-0.2251	0.1074	-0.2745	-0.2604	-0.0802	0.1551	-0.0426	0.0359	0.3077	-0.0261	0.1278	40.3431	-1.7063	108.4852
8	4.631	-4.0472	-6.2422	7.084	5.0692	9.1584	0.0493	0.136	-0.4618	0.3785	0.0801	-0.0218	0.4201	-0.5716	-0.1114	0.1869	-0.0542	-0.0714	0.2176	0.0913	0.2642	34.1279	-11.6746	104.5744
9	3.6562	-2.9533	0.2521	8.4969	1.2526	2.8673	0.0585	-0.1511	0.2526	-0.2811	0.3849	0.8449	-0.3201	-0.279	-0.0593	0.1633	0.0481	0.0821	0.2516	0.0605	0.2642	37.41	1.1015	99.8369
10	3.3717	-0.9141	0.8585	7.281	3.4713	2.1707	0.1243	-0.4084	0.6304	0.1772	0.2105	0.1804	-0.2998	0.1131	-0.1016	0.3122	-0.0259	0.1608	0.2083	-0.0485	0.2389	45.0886	7.3978	103.1519
11	1.576	0.4816	-0.8835	3.4341	0.2801	2.4355	0.1962	0.316	0.5061	-0.3672	-0.1175	0.2814	-0.2572	-0.1211	-0.1118	0.2399	0.0412	0.0774	0.1735	0.0465	0.1162	48.5695	4.3627	94.1578
12	1.1842	1.1417	-0.4623	4.5216	-1.9956	6.3022	-0.0247	0.2403	-0.2143	-0.151	0.044	0.1072	0.4083	-0.5046	-0.0105	0.1215	-0.0155	-0.0221	0.1669	-0.0284	0.0993	53.996	-14.2123	108.8812
13	8.4533	1.6232	-1.7709	3.803	-2.084	2.9357	-0.1348	0.417	-1.0377	-0.6301	-0.1111	-0.0683	1.0281	0.0947	0.0439	0.336	0.0635	-0.001	0.2203	-0.0792	0.1739	50.6261	-14.6317	97.091
14	1.5767	-0.3201	1.529	0.9229	-0.7855	3.3062	0.1872	0.1425	0.1737	-0.1742	-0.1074	-0.0892	-0.1781	0.4293	-0.0541	0.186	-0.0043	0.0569	0.2223	0.0369	0.1289	57.8103	1.5828	94.3477
15	5.2244	-1.581	2.2521	5.4978	-2.6474	4.8638	0.0568	-0.3162	0.9232	0.2004	-0.2544	-0.3468	-0.498	0.4565	0.0748	0.1965	-0.1605	0.0785	0.3511	-0.1723	0.3186	63.0583	7.6691	105.8732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 35 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 99 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 122 through 193 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 5 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 21 through 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 35 through 49 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 50 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 64 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 83 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 99 through 121 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 122 through 142 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 143 through 156 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 157 through 178 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 179 through 193 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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