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万見
- PDB-5ybw: Crystal structure of pyridoxal 5'-phosphate-dependent aspartate r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ybw
タイトルCrystal structure of pyridoxal 5'-phosphate-dependent aspartate racemase
要素Aspartate racemase
キーワードISOMERASE / pyridoxal 5'-phosphate / aspartate racemase / Scapharca broughtonii / serine racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase activity / amino acid metabolic process / isomerase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-serine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca broughtonii (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mizobuchi, T. / Nonaka, R. / Yoshimura, M. / Abe, K. / Takahashi, S. / Kera, Y. / Goto, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a pyridoxal 5'-phosphate-dependent aspartate racemase derived from the bivalve mollusc Scapharca broughtonii
著者: Mizobuchi, T. / Nonaka, R. / Yoshimura, M. / Abe, K. / Takahashi, S. / Kera, Y. / Goto, M.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate racemase
B: Aspartate racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6972
ポリマ－72,6972
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.181, 80.708, 87.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aspartate racemase


分子量: 36348.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scapharca broughtonii (無脊椎動物)
遺伝子: Asr / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2L695, aspartate racemase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→78.936 Å / Num. all: 46230 / Num. obs: 46230 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.037 / Net I/av σ(I): 13.8 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 186532
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.9-23.20.3382.364390.2750.5020.33895.1
2-2.124.20.259364170.1660.340.259100
2.12-2.274.20.1564.960000.10.2070.156100
2.27-2.454.20.0987.856310.0630.130.098100
2.45-2.694.20.06711.451970.0430.0890.067100
2.69-34.20.04416.746710.0280.0580.044100
3-3.474.20.02922.741430.0180.0380.02999.9
3.47-4.254.20.02324.935080.0140.0290.02399.9
4.25-6.014.10.02324.327200.0140.0290.02399.7
6.01-46.8383.90.02126.315040.0150.0290.02198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V71

1v71


解像度: 1.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.536 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.1871 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2515 2224 4.8 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2075 44006 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.31 Å2 / Biso mean: 36.781 Å2 / Biso min: 17.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0 Å2-0.19 Å2
2--4.03 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4963 0 0 206 5169
Biso mean---37.97 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.976871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0385650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.61824.876201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67215826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5531523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213777
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 152 -
Rwork0.327 3003 -
all-3155 -
obs--92.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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