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- PDB-5yap: Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yap
タイトルCrystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity complexed with L-glucono-1,5-lactone
要素Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity
キーワードOXIDOREDUCTASE / homotetramer / rossman fold / sugar metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glucono-1,5-lactone / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Predicted dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus laeviglucosivorans Nakamura 2015 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fukano, K. / Shimizu, T. / Sasaki, Y. / Nakamura, A. / Yajima, S.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural basis of L-glucose oxidation by scyllo-inositol dehydrogenase: Implications for a novel enzyme subfamily classification
著者: Fukano, K. / Ozawa, K. / Kokubu, M. / Shimizu, T. / Ito, S. / Sasaki, Y. / Nakamura, A. / Yajima, S.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity
B: Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity
C: Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity
D: Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,80311
ポリマ－165,6074
非ポリマー3,1967
水15,367853
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21580 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area43970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.571, 121.177, 140.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Scyllo-inositol dehydrogenase with L-glucose dehydrogenase activity


分子量: 41401.707 Da / 分子数: 4 / 変異: N72S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus laeviglucosivorans Nakamura 2015 (バクテリア)
遺伝子: lgdA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K7ZP76
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 糖 ChemComp-8S0 / L-glucono-1,5-lactone / (3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-one / L-グルコン酸1,5-ラクトン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.8 - 5.4, 12 - 35% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 137356 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YAB

5yab


解像度: 1.8→31.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.094 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17045 6847 5 %RANDOM
Rwork0.16255 ---
obs0.16295 130434 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→31.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11118 0 212 853 12183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911615
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.95715764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9823.00124642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05651457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42822.467531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.179151747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.36615120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1051.7975843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1031.7965842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.752.6897295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.752.6897296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6972.0435772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6972.0435772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7542.9848470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.65715.6613895
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.65715.6613896
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 497 -
Rwork0.232 9261 -
obs--96.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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