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- PDB-5yao: The complex structure of SZ529 and expoxid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yao
タイトルThe complex structure of SZ529 and expoxid
要素Limonene-1,2-epoxide hydrolase
キーワードHYDROLASE / epoxide / stereoselective / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


limonene-1,2-epoxide hydrolase / limonene-1,2-epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Limonene-1,2-epoxide hydrolase / Limonene-1,2-epoxide hydrolase catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R,5S)-6-oxabicyclo[3.1.0]hexane / Limonene-1,2-epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.611 Å
データ登録者Lian, W. / Sun, Z.T. / Zhou, J.H. / Reetz, M.T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Strategic Priority Research Program (B) of the Chinese Academy of SciencesXDB20000000 中国
Science and Technology Commission of Shanghai Municipality15JC1400403 中国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Structural and Computational Insight into the Catalytic Mechanism of Limonene Epoxide Hydrolase Mutants in Stereoselective Transformations
著者: Sun, Z. / Wu, L. / Bocola, M. / Chan, H.C.S. / Lonsdale, R. / Kong, X.D. / Yuan, S. / Zhou, J. / Reetz, M.T.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7695
ポリマ－34,6392
非ポリマー1303
水43224
1
A: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4263
ポリマ－17,3191
非ポリマー1072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Limonene-1,2-epoxide hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3422
ポリマ－17,3191
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.226, 61.097, 120.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Limonene-1,2-epoxide hydrolase


分子量: 17319.320 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-149 / 変異: M32V, M78V, I80V, L114T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: limA / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZAG3, limonene-1,2-epoxide hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-3ZS / (1R,5S)-6-oxabicyclo[3.1.0]hexane / (1α,5α)-6-オキサビシクロ[3.1.0]ヘキサン


分子量: 84.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.4 M sodium citrate, 0.1 M Hepes pH 7.0 / PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.93911 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7 % / Num. unique obs: 608 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CF2

5cf2


解像度: 2.611→40.133 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2824 634 5.11 %
Rwork0.233 --
obs0.2355 12413 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.611→40.133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 8 24 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9672886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5871260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6115-2.8130.33841170.26772225X-RAY DIFFRACTION96
2.813-3.0960.30351330.25932318X-RAY DIFFRACTION100
3.096-3.54380.2911160.24962365X-RAY DIFFRACTION100
3.5438-4.46390.25381190.21072381X-RAY DIFFRACTION100
4.4639-40.13740.27651490.22242490X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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