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- PDB-5yaa: Crystal structure of Marf1 NYN domain from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yaa
タイトルCrystal structure of Marf1 NYN domain from Mus musculus
要素Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
キーワードHYDROLASE / NYN domain / Marf1 / meiosis / nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


female meiotic nuclear division / oogenesis / RNA nuclease activity / peroxisome / double-strand break repair / regulation of gene expression / Golgi apparatus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 / MARF1, RNA recognition motif 1 / MARF1, RNA recognition motif 2 / MARF1, first and second LOTUS domain / MARF1, RNA recognition motif 1 / MARF1 LOTUS domain / NYN domain, MARF1-type / NYN domain / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain ...Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 / MARF1, RNA recognition motif 1 / MARF1, RNA recognition motif 2 / MARF1, first and second LOTUS domain / MARF1, RNA recognition motif 1 / MARF1 LOTUS domain / NYN domain, MARF1-type / NYN domain / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Yao, Q.Q. / Wu, B.X. / Ma, J.B.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Ribonuclease activity of MARF1 controls oocyte RNA homeostasis and genome integrity in mice.
著者: Yao, Q. / Cao, G. / Li, M. / Wu, B. / Zhang, X. / Zhang, T. / Guo, J. / Yin, H. / Shi, L. / Chen, J. / Yu, X. / Zheng, L. / Ma, J. / Su, Y.Q.
履歴
登録2017年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
B: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
C: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
D: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,13617
ポリマ－73,9394
非ポリマー1,19713
水4,990277
1
A: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7614
ポリマ－18,4851
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
2
B: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7614
ポリマ－18,4851
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7730 Å2
手法PISA
3
C: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0377
ポリマ－18,4851
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
4
D: Meiosis regulator and mRNA stability factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5772
ポリマ－18,4851
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.470, 163.470, 56.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Meiosis regulator and mRNA stability factor 1 / Limkain-b1 / Meiosis arrest female protein 1


分子量: 18484.684 Da / 分子数: 4 / 断片: NYN domain, UNP residues 337-499 / 変異: L253M/L303M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Marf1, Kiaa0430, Lkap / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BJ34
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 22% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→81.74 Å / Num. obs: 56376 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 2.152

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.75→29.941 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2827 2859 5.08 %
Rwork0.2319 --
obs0.2346 56259 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4773 0 78 277 5128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0646675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2782980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.78020.33291460.2812640X-RAY DIFFRACTION100
1.7802-1.81260.29921490.26722690X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.84750.32181480.24982629X-RAY DIFFRACTION100
1.8475-1.88520.2761260.24352701X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.92620.32191260.24062715X-RAY DIFFRACTION100
1.9262-1.9710.3211640.23762606X-RAY DIFFRACTION100
1.971-2.02020.25561570.23052684X-RAY DIFFRACTION100
2.0202-2.07480.30151280.22822710X-RAY DIFFRACTION100
2.0748-2.13590.29071370.22732665X-RAY DIFFRACTION100
2.1359-2.20480.30171490.22652661X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.28360.27721090.22812687X-RAY DIFFRACTION100
2.2836-2.3750.29621440.23932683X-RAY DIFFRACTION100
2.375-2.4830.31761570.24922664X-RAY DIFFRACTION100
2.483-2.61380.28461480.24062675X-RAY DIFFRACTION100
2.6138-2.77750.33411470.24012654X-RAY DIFFRACTION100
2.7775-2.99180.30781280.24682692X-RAY DIFFRACTION100
2.9918-3.29250.3181450.23632671X-RAY DIFFRACTION100
3.2925-3.76820.26511510.22522665X-RAY DIFFRACTION100
3.7682-4.74440.22451480.20282663X-RAY DIFFRACTION100
4.7444-29.94530.24141520.22442645X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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