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万見
- PDB-5y9z: Crystal structure of rat hematopoietic prostaglandin D synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y9z
タイトルCrystal structure of rat hematopoietic prostaglandin D synthase
要素Hematopoietic prostaglandin D synthase
キーワードTRANSFERASE / prostaglandin D synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / GLUTATHIONE / TRIETHYLENE GLYCOL / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Kamo, M. / Furubayashi, N. / Inaka, K. / Tanaka, H. / Aritake, K. / Urade, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of rat hematopoietic prostaglandin D synthase
著者: Kamo, M. / Furubayashi, N. / Inaka, K. / Tanaka, H. / Aritake, K. / Urade, Y.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hematopoietic prostaglandin D synthase
B: Hematopoietic prostaglandin D synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,30417
ポリマ－46,6482
非ポリマー1,65615
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.540, 79.840, 96.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hematopoietic prostaglandin D synthase / H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / ...H-PGDS / GST class-sigma / Glutathione S-transferase / Glutathione-dependent PGD synthase / Glutathione-requiring prostaglandin D synthase / Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量: 23323.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hpgds, Gsts, Pgds, Ptgds2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O35543, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase

-
非ポリマー , 7種, 538分子

#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 35% PEG6000, 5 mM DTT, 5mM GSH, 2 mM Dioxane, 2 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→48.3 Å / Num. obs: 175007 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 1351352 / Scaling rejects: 606665
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.09-1.117.20.5296224085980.9290.2010.568299.5
5.97-48.310.90.01913409123410.0060.024599.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.414 /
最高解像度最低解像度
Rotation48.3 Å4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PD2

1pd2


解像度: 1.09→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1697 / WRfactor Rwork: 0.1454 / FOM work R set: 0.8665 / SU B: 1.065 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0299 / SU Rfree: 0.0304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1786 8782 5 %RANDOM
Rwork0.1555 ---
obs0.1567 166098 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.3 Å2 / Biso mean: 12.662 Å2 / Biso min: 4.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.09→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 108 523 3911
Biso mean--21.4 24.12 -
残基数----396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.994681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93737630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3055394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8824.051158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25415590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8461520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.93736745
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.735332
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.96556861
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.118 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 636 -
Rwork0.287 12137 -
all-12773 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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