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万見
- PDB-5y7y: Crystal structure of AhRR/ARNT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7y
タイトルCrystal structure of AhRR/ARNT complex
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Aryl hydrocarbon receptor repressor
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / Endogenous sterols / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / PPARA activates gene expression / nuclear receptor activity ...nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / Endogenous sterols / intracellular receptor signaling pathway / xenobiotic metabolic process / PPARA activates gene expression / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor repressor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Aryl hydrocarbon receptor repressor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Aryl hydrocarbon receptor repressor / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sakurai, S. / Shimizu, T. / Ohto, U.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the AhRR-ARNT heterodimer reveals the structural basis of the repression of AhR-mediated transcription.
著者: Sakurai, S. / Shimizu, T. / Ohto, U.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor repressor
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3735
ポリマ－64,0962
非ポリマー2763
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.362, 78.362, 129.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor repressor / AhRR / Class E basic helix-loop-helix protein 77 / bHLHe77


分子量: 28464.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHRR, BHLHE77, KIAA1234
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A9YTQ3
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein


分子量: 35631.598 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 82-147,154-230,257-271,301-312 / Mutation: deletions 148-153,231-256,272-300,313-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARNT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BE97
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 20000, Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30559 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 28.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 7.653 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26832 1542 5 %RANDOM
Rwork0.23352 ---
obs0.23527 29016 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 78.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å2-0 Å2
2--2.27 Å2-0 Å2
3----4.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 18 22 3782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9671.9625161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71638487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5135455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75322.967182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60215680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6391535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0927.9211847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0867.921846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.78411.8372293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.78411.8372294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6358.0241983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6358.0241983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.96611.9862869
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.90861.3924160
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.90861.3954161
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 117 -
Rwork0.294 2095 -
obs--99.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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