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- PDB-5y7d: Crystal structure of human Endothelial-overexpressed LPS associat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y7d
タイトルCrystal structure of human Endothelial-overexpressed LPS associated factor 1
要素Protein CXorf40A
キーワードHYDROLASE / endothelial-overexpressed LPS associated factor 1 / RNA binding domain / PUA domain
機能・相同性Protein EOLA1/EOLA2 / ASCH / ASCH domain / regulation of interleukin-6 production / PUA-like superfamily / regulation of gene expression / Protein EOLA1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Park, S.H. / Kim, M.J. / Park, J.S. / Kim, H.J. / Han, B.W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Human EOLA1 Implies Its Possibility of RNA Binding.
著者: Kim, M. / Park, S.H. / Park, J.S. / Kim, H.J. / Han, B.W.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CXorf40A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,86117
ポリマ－18,2431
非ポリマー61816
水3,981221
1
A: Protein CXorf40A
ヘテロ分子

A: Protein CXorf40A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,72334
ポリマ－36,4862
非ポリマー1,23632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.765, 49.765, 175.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-464-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein CXorf40A / Endothelial-overexpressed lipopolysaccharide-associated factor 1


分子量: 18243.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXorf40A, CXorf40, EOLA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TE69
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 4.3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.709→47.89 Å / Num. obs: 24918 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 29.4 % / Net I/σ(I): 53.11

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
REFMAC精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.71→32.933 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1238 4.98 %
Rwork0.1994 --
obs0.2017 24868 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→32.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 26 221 1530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7031789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.03794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7096-1.77810.24981400.24642545X-RAY DIFFRACTION100
1.7781-1.8590.28481350.23732562X-RAY DIFFRACTION100
1.859-1.9570.27591330.22982574X-RAY DIFFRACTION100
1.957-2.07960.29121460.21312579X-RAY DIFFRACTION100
2.0796-2.24010.27181240.20342589X-RAY DIFFRACTION100
2.2401-2.46550.26181540.21082607X-RAY DIFFRACTION100
2.4655-2.82210.25541310.22012643X-RAY DIFFRACTION100
2.8221-3.55490.24711470.19352687X-RAY DIFFRACTION100
3.5549-32.93880.21171280.17572844X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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