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万見
- PDB-5y79: Crystal structure of the triose-phosphate/phosphate translocator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y79
タイトルCrystal structure of the triose-phosphate/phosphate translocator in complex with 3-phosphoglycerate
要素Putative hexose phosphate translocator
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Chloroplast / inner envelop membrane / antiporter / sugar phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


antiporter activity / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar phosphate transporter domain / Triose-phosphate Transporter family / :
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / CITRATE ANION / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Putative hexose phosphate translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Galdieria sulphuraria (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, Y. / Nishizawa, T. / Takemoto, M. / Kumazaki, K. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Minoda, A. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017
タイトル: Structure of the triose-phosphate/phosphate translocator reveals the basis of substrate specificity
著者: Lee, Y. / Nishizawa, T. / Takemoto, M. / Kumazaki, K. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Minoda, A. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hexose phosphate translocator
B: Putative hexose phosphate translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,12137
ポリマ－73,1502
非ポリマー11,97035
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.050, 165.330, 41.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative hexose phosphate translocator / Sugar-phosphate:phosphate translocator / DMT family


分子量: 36575.195 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 91-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Galdieria sulphuraria (真核生物) / 遺伝子: Gasu_48050, Gs48050.1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B5AJT1
#2: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: PEG200, Na-citrate, 3K-citrate, 2Na(3-PGA)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 38123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 27 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.698 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I20

5i20


解像度: 2.2→48.998 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 1991 5.23 %
Rwork0.1906 --
obs0.1926 38071 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4713 0 461 222 5396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6377057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1283067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1999-2.2550.32551360.29272542X-RAY DIFFRACTION100
2.255-2.31590.33231410.26212533X-RAY DIFFRACTION100
2.3159-2.38410.29481390.22792512X-RAY DIFFRACTION100
2.3841-2.4610.23551420.21422548X-RAY DIFFRACTION100
2.461-2.5490.23911410.19762567X-RAY DIFFRACTION100
2.549-2.6510.25621400.18082517X-RAY DIFFRACTION100
2.651-2.77170.21651410.1672554X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.91780.21711430.16882573X-RAY DIFFRACTION100
2.9178-3.10060.22121410.17172551X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.33990.20971430.18362573X-RAY DIFFRACTION100
3.3399-3.67590.21271430.17622584X-RAY DIFFRACTION100
3.6759-4.20760.24011440.17412617X-RAY DIFFRACTION100
4.2076-5.30010.20041450.17412626X-RAY DIFFRACTION99
5.3001-49.01040.20441520.20442783X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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