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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xzk | ||||||
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タイトル | Pholiota squarrosa lectin trimer | ||||||
要素 | lectin (PhoSL) | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Trimer / Fucose | ||||||
機能・相同性 | Lectin (PhoSL) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Yamasaki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: The trimeric solution structure and fucose-binding mechanism of the core fucosylation-specific lectin PhoSL. 著者: Yamasaki, K. / Yamasaki, T. / Tateno, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xzk.cif.gz | 701.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xzk.ent.gz | 593.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xzk_validation.pdf.gz | 393.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xzk_full_validation.pdf.gz | 600.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xzk_validation.xml.gz | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xzk_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/5xzk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4440.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Pholiota squarrosa (シロナメツムタケ) 参照: UniProt: A0A384E107*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.3 mM no Pholiota squarrosa lectin (PhoSL), 95% H2O/5% D2O 詳細: Concentration value is for peptide, but not for the trimer. Label: sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 0.3 mM / 構成要素: Pholiota squarrosa lectin (PhoSL) / Isotopic labeling: no |
試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 900 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS APPLIED | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |