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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xyk | ||||||
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タイトル | Structure of Transferase | ||||||
![]() | Putative cytoplasmic protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ARGININE / : / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Putative cytoplasmic protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, J.B. / Yoo, Y. / Kim, J. / Cho, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Transferase 著者: Park, J.B. / Yoo, Y. / Kim, J. / Cho, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5h5yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39616.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 4/74 / 遺伝子: STM474_2223 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ARG / |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 化合物 | ChemComp-UDP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.05 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 5.5 詳細: 0.2M ammonium acetate 0.1M Bis-Tris pH5.5 25% PEG2250 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→67.08 Å / Num. obs: 9052 / % possible obs: 94.87 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 3.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5H5Y 解像度: 2.57→67.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.862 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.822 / SU B: 14.817 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.398 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.524 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.57→67.08 Å
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拘束条件 |
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