PDB-5xwh: Structure of FrnE, a novel disulfide oxidoreductase from Deinococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xwh

タイトル

Structure of FrnE, a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans crystallized in the presence of GSH

要素

FrnE protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Disulfide oxidoreductase / Disulfide isomerase / FrnE

機能・相同性

DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FrnE protein

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of FrnE, a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans crystallized in the presence of GSH
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.

履歴

登録	2017年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xwh.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xwh.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5xwh_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xwh_full_validation.pdf.gz	429 KB	表示
XML形式データ	5xwh_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	5xwh_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5co3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5coh-d 5cnw-d 5e59-d 7c82-d 7c2a-d 2qrx-d 5m5q-d 3ghp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FrnE protein

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.806, 64.109, 86.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

詳細

Authors state that dimeric biological assembly is observed in solution using SEC and light scattering experiment.

#1: タンパク質	FrnE protein 分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0659 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

FrnE protein

分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0659 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWK7

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% PEG8000, 100mM sodium acetate, pH 5.0 20% glycerol 5mM GSH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.81 Å / Num. obs: 17317 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.427 / CC_1/2: 0.745 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CO3

5co3

解像度: 2→41.822 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	874	5.06 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1719	17273	93.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	0	104	1853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.614	654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.1254	0.3041	158	0.246	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1254-2.2894	0.2586	171	0.222	2748	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2894-2.5198	0.2658	149	0.1938	2723	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5198-2.8844	0.2584	124	0.1846	2755	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8844-3.6337	0.2466	135	0.1645	2732	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6337-41.8314	0.1668	137	0.1399	2737	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4694	-0.163	-0.6229	1.7973	0.6193	0.9143	-0.2561	-0.55	-0.6621	0.3897	0.1648	0.2575	0.3274	-0.0764	0.0752	0.3429	0.0227	0.0475	0.3012	0.0945	0.4223	-0.492	210.2699	106.9788
2	0.6997	0.9071	-1.1695	2.0929	-1.7075	1.962	-0.5205	0.6713	-0.8692	-0.4883	0.1282	-0.571	0.3888	-0.1342	0.3301	0.4173	-0.0409	0.1449	0.5833	-0.1178	0.5612	18.4968	212.8553	90.6441
3	5.3766	0.7297	-0.3325	1.9567	-0.5323	2.6831	0.0232	-0.0208	-0.3275	0.1285	0.0229	0.0557	-0.094	-0.0338	-0.0376	0.2256	-0.0071	0.0124	0.174	0.0256	0.2154	12.6366	218.67	103.0228
4	3.2136	-0.2735	0.1612	0.1032	0.3683	3.5452	0.0637	-0.7777	-1.5689	0.6826	-0.2792	-0.0737	0.9033	0.9117	-0.0212	0.4715	0.0964	0.0032	0.4677	0.3518	0.6507	18.2636	205.5304	111.6782
5	1.9393	1.3245	-0.6892	1.5446	-0.8864	2.5449	-0.1301	0.4548	-1.2836	-0.1633	0.12	0.5976	0.6524	-0.7451	0.0779	0.3983	-0.1007	0.0352	0.3814	0.0704	0.7664	-5.5288	202.9562	103.2424
6	4.542	-1.9695	0.364	8.1971	-2.9099	3.2302	0.2389	-0.3142	0.8405	0.6094	-0.1194	0.7354	-0.6938	0.1392	-0.044	0.5293	-0.0227	0.0309	0.4263	-0.0826	0.6015	-22.2931	183.8252	119.9112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 52 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 157 through 185 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 247 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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