[日本語] English
万見
- PDB-5xvs: Crystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase NeuC complexed with UDP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvs
タイトルCrystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase NeuC complexed with UDP
要素GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
キーワードHYDROLASE / NeuC / UDP N-acetylglucosamine 2-epimerase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase,UDP-hydrolysing / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.383 Å
データ登録者Ko, T.P. / Hsieh, T.J. / Chen, S.C. / Wu, S.C. / Guan, H.H. / Yang, C.H. / Chen, C.J. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The tetrameric structure of sialic acid-synthesizing UDP-GlcNAc 2-epimerase fromAcinetobacter baumannii: A comparative study with human GNE.
著者: Ko, T.P. / Lai, S.J. / Hsieh, T.J. / Yang, C.S. / Chen, Y.
履歴
登録2017年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
B: GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6447
ポリマ－84,6012
非ポリマー1,0435
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.879, 147.654, 124.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-625-

HOH

31A-701-

HOH

41B-608-

HOH

51B-626-

HOH

61B-659-

HOH

71B-682-

HOH

81B-713-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 GDP/UDP-N,N'-diacetylbacillosamine 2-epimerase (Hydrolyzing)


分子量: 42300.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: legG, LV38_02406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A154EJU5, EC: 3.2.1.184
#2: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Li
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→27.95 Å / Num. obs: 32255 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 9.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZHT

4zht


解像度: 2.383→27.96 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1620 5.02 %
Rwork0.1713 --
obs0.1733 32251 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.383→27.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5702 0 67 423 6192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7647954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2463550
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3835-2.45350.26141320.20552466X-RAY DIFFRACTION97
2.4535-2.53270.25231270.19982533X-RAY DIFFRACTION100
2.5327-2.62310.26021410.20512525X-RAY DIFFRACTION100
2.6231-2.72810.26591260.19882532X-RAY DIFFRACTION100
2.7281-2.85210.22691390.19142547X-RAY DIFFRACTION100
2.8521-3.00230.23831360.19042540X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.19020.26951320.19812548X-RAY DIFFRACTION100
3.1902-3.43610.2441390.18682557X-RAY DIFFRACTION100
3.4361-3.78120.20331290.16272564X-RAY DIFFRACTION100
3.7812-4.32660.14751400.14472562X-RAY DIFFRACTION99
4.3266-5.44440.1661370.14872579X-RAY DIFFRACTION99
5.4444-27.96170.23011420.17212678X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.7123 Å / Origin y: 13.2566 Å / Origin z: 48.0755 Å
111213212223313233
T0.1933 Å20.0207 Å2-0.0432 Å2-0.1797 Å20.0041 Å2--0.1477 Å2
L1.0162 °2-0.2191 °2-0.447 °2-0.7805 °20.2127 °2--0.4347 °2
S0.0632 Å °0.1296 Å °0.0116 Å °-0.2099 Å °-0.0595 Å °0.1453 Å °-0.1098 Å °-0.0792 Å °0.0021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る