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- PDB-5xvd: [NiFe]-hydrogenase (Hyb-type) from Citrobacter sp. S-77 in an air... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xvd
タイトル[NiFe]-hydrogenase (Hyb-type) from Citrobacter sp. S-77 in an air-oxidized condition
要素
  • Hydrogenase-2 small chain
  • [NiFe]-hydrogenase 2 large subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe]-hydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE4-S4-O CLUSTER / FE3-S4 CLUSTER / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / IRON/SULFUR CLUSTER / NiFe hydrogenase / hydrogenase (acceptor)
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter sp. S-77 (バクテリア)
Citrobacter sp. MGH106 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Nishikawa, K. / Matsuura, H. / Muhd Noor, N.D. / Tai, H. / Hirota, S. / Kim, J. / Kang, J. / Tateno, M. / Yoon, K.S. / Ogo, S. ...Nishikawa, K. / Matsuura, H. / Muhd Noor, N.D. / Tai, H. / Hirota, S. / Kim, J. / Kang, J. / Tateno, M. / Yoon, K.S. / Ogo, S. / Shomura, Y. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2018
タイトル: Redox-dependent conformational changes of a proximal [4Fe-4S] cluster in Hyb-type [NiFe]-hydrogenase to protect the active site from O2.
著者: Noor, N.D.M. / Matsuura, H. / Nishikawa, K. / Tai, H. / Hirota, S. / Kim, J. / Kang, J. / Tateno, M. / Yoon, K.S. / Ogo, S. / Kubota, S. / Shomura, Y. / Higuchi, Y.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: [NiFe]-hydrogenase 2 large subunit
S: Hydrogenase-2 small chain
M: [NiFe]-hydrogenase 2 large subunit
T: Hydrogenase-2 small chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,22122
ポリマ－193,6044
非ポリマー3,61818
水20,1051116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23850 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area44060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.940, 118.980, 96.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 LMST

#1: タンパク質 [NiFe]-hydrogenase 2 large subunit


分子量: 60915.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrobacter sp. S-77 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3B6UEQ1*PLUS
#2: タンパク質 Hydrogenase-2 small chain


分子量: 35886.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Citrobacter sp. MGH106 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0J1PJ79

-
非ポリマー , 8種, 1134分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-8JU / FE4-S4-O CLUSTER


分子量: 367.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4OS4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.22 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 18% PEG 10000, 100mM Sodium Chloride, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 382238 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.57→31.722 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1658 9829 5 %
Rwork0.1211 --
obs0.1234 196578 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→31.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12646 0 110 1116 13872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31418228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7524797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5699-1.58780.2243300.16516261X-RAY DIFFRACTION100
1.5878-1.60640.24263280.15556230X-RAY DIFFRACTION100
1.6064-1.6260.21643270.14936216X-RAY DIFFRACTION100
1.626-1.64660.20543320.13776310X-RAY DIFFRACTION100
1.6466-1.66830.18953250.13096178X-RAY DIFFRACTION100
1.6683-1.69110.21283300.13196257X-RAY DIFFRACTION100
1.6911-1.71530.20793290.12516256X-RAY DIFFRACTION100
1.7153-1.74090.20523280.11666226X-RAY DIFFRACTION100
1.7409-1.76810.17053300.11096278X-RAY DIFFRACTION100
1.7681-1.79710.16923290.10576240X-RAY DIFFRACTION100
1.7971-1.8280.15633300.09556285X-RAY DIFFRACTION100
1.828-1.86130.1543270.09316211X-RAY DIFFRACTION100
1.8613-1.89710.16673300.0976269X-RAY DIFFRACTION100
1.8971-1.93580.17473300.10026262X-RAY DIFFRACTION100
1.9358-1.97790.14953260.09126205X-RAY DIFFRACTION100
1.9779-2.02390.15663310.09136282X-RAY DIFFRACTION100
2.0239-2.07450.1463270.09276217X-RAY DIFFRACTION100
2.0745-2.13060.15123300.09416266X-RAY DIFFRACTION100
2.1306-2.19320.14523270.09176213X-RAY DIFFRACTION100
2.1932-2.2640.14593280.09856224X-RAY DIFFRACTION100
2.264-2.34490.16513270.10366229X-RAY DIFFRACTION100
2.3449-2.43880.17093290.11276236X-RAY DIFFRACTION99
2.4388-2.54970.15333280.11196244X-RAY DIFFRACTION99
2.5497-2.68410.14353270.11426206X-RAY DIFFRACTION99
2.6841-2.85210.17343280.11976230X-RAY DIFFRACTION99
2.8521-3.07220.16953260.13026200X-RAY DIFFRACTION99
3.0722-3.3810.16213240.12856163X-RAY DIFFRACTION98
3.381-3.86950.15823220.12786100X-RAY DIFFRACTION97
3.8695-4.87240.16243210.13416105X-RAY DIFFRACTION97
4.8724-31.72870.16713230.16936150X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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