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万見
- PDB-5xv9: Solution Structure of Cold Shock Protein from Colwellia psychrery... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xv9
タイトルSolution Structure of Cold Shock Protein from Colwellia psychrerythraea
要素Cold-shock DNA-binding domain family protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cold-shock protein / Psychrophile / NMR spectroscopy / solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene expression / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins ...Cold shock, CspA / : / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold-shock DNA-binding domain family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法溶液NMR / na
データ登録者Lee, Y. / Kim, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation of KoreaMSIP- 2016R1A2B2008543 韓国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Tyr51: Key Determinant of the Low Thermostability of the Colwellia psychrerythraea Cold-Shock Protein.
著者: Lee, Y. / Kwak, C. / Jeong, K.W. / Durai, P. / Ryu, K.S. / Kim, E.H. / Cheong, C. / Ahn, H.C. / Kim, H.J. / Kim, Y.
#1: ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2014
タイトル: Structure and flexibility of the thermophilic cold-shock protein of Thermus aquaticus
著者: Jin, B. / Jeong, K.W. / Kim, Y.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural and dynamic features of cold-shock proteins of Listeria monocytogenes, a psychrophilic bacterium
著者: Lee, J. / Jeong, K.W. / Jin, B. / Ryu, K.S. / Kim, E.H. / Ahn, J.H. / Kim, Y.
履歴
登録2017年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold-shock DNA-binding domain family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2991
ポリマ－7,2991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, no assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cold-shock DNA-binding domain family protein


分子量: 7299.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (strain 34H / ATCC BAA-681) (バクテリア)
株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: CPS_0718 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q488P6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic52D 1H-15N HSQC
122isotropic52D 1H-13C HSQC
132isotropic53D HN(CA)CB
142isotropic53D CBCA(CO)NH
152isotropic53D HNCO
162isotropic53D C(CO)NH
172isotropic53D HBHA(CO)NH
182isotropic53D H(CCO)NH
192isotropic53D (H)CCH-TOCSY
1104isotropic52D 1H-1H TOCSY
1114isotropic52D 1H-1H NOESY
1121isotropic53D 1H-15N NOESY
1132isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1141isotropic52D 1H-15N HSQC-DSSE(IPAP)
1153anisotropic52D 1H-15N HSQC-DSSE(IPAP)

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.5 mM [U-99% 15N] Colwellia psychrerythraea Cold Shock Protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT, 50 nM DSS, 0.5 mg/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Colwellia psychrerythraea Cold Shock Protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT, 50 nM DSS, 0.5 mg/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C&15N_sample90% H2O/10% D2O
gel solution30.5 mM [U-99% 15N] Colwellia psychrerythraea Cold Shock Protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT, 50 nM DSS, 0.5 mg/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample_in_gel90% H2O/10% D2O15N-labeled protein soaked into 5% acrylamide gel(4.87% acrylamide, 0.13% bis-acrylamide)
solution40.5 mM Colwellia psychrerythraea Cold Shock Protein, 50 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT, 50 nM DSS, 0.5 mg/mL sodium azide, 90% H2O/10% D2ONon-label90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMColwellia psychrerythraea Cold Shock Protein[U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
50 nMDSSnatural abundance1
0.5 mg/mLsodium azidenatural abundance1
0.5 mMColwellia psychrerythraea Cold Shock Protein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.1 mMEDTAnatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
50 nMDSSnatural abundance2
0.5 mg/mLsodium azidenatural abundance2
0.5 mMColwellia psychrerythraea Cold Shock Protein[U-99% 15N]3
50 mMpotassium phosphatenatural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
0.1 mMEDTAnatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
50 nMDSSnatural abundance3
0.5 mg/mLsodium azidenatural abundance3
0.5 mMColwellia psychrerythraea Cold Shock Proteinnatural abundance4
50 mMpotassium phosphatenatural abundance4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
0.1 mMEDTAnatural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
50 nMDSSnatural abundance4
0.5 mg/mLsodium azidenatural abundance4
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: standard / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli and Markleychemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
PONDEROSA-C/SLee, Cornilescu, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler, Butcher, Wildman-Henzler and Markley精密化
精密化手法: na / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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