PDB-5xv0: Crystal structure of Rib7 mutant D33N from Methanosarcina mazei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xv0

タイトル

Crystal structure of Rib7 mutant D33N from Methanosarcina mazei

要素

Conserved protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rib7 / riboflavin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina mazei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Yeh, T.M. / Chen, S.C. / Chang, T.H. / Huang, M.F. / Liaw, S.H.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Evolution of archaeal Rib7 and eubacterial RibG reductases in riboflavin biosynthesis: Substrate specificity and cofactor preference.
著者: Chen, S.C. / Yen, T.M. / Chang, T.H. / Liaw, S.H.

履歴

登録	2017年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xv0.cif.gz	288.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xv0.ent.gz	234.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xv0_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xv0_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5xv0_validation.xml.gz	59.2 KB	表示
CIF形式データ	5xv0_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xuxSC 5xv2C 5xv5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xv2-1 5xv5-3 5xux-2 5xux-3 5xv5-1 5xux-1 6p8c-d 2azn-7 4a7x-2 3g1t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved protein

B: Conserved protein

C: Conserved protein

D: Conserved protein

E: Conserved protein

F: Conserved protein

ヘテロ分子

161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein

B: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved protein

D: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Conserved protein

F: Conserved protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.098, 117.098, 380.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-546- HOH

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 26104.125 Da / 分子数: 6 / 変異: D33N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (strain ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88) (古細菌) 株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88 遺伝子: MM_0826 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PYN5
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 % Tacsimate (pH 7.0), 10 % PEG 5000, and 100 mM HEPES (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 141352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.652 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUX

5xux

解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 4.783 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28874	6953	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24167	-	-	-
obs	0.24397	134334	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	-0.18 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10403	0	288	699	11390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10847
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	2.019	14630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	24620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.864	5	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.167	24.617	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.605	15	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.079	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.724	4.231	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.724	4.231	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.236	6.329	6837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.236	6.33	6838
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.747	4.641	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.747	4.641	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.423	6.815	7794
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.13	51.508	11749
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.13	51.48	11732
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	470	-
R_work	0.296	9797	-
obs	-	-	98.47 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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