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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xv0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rib7 mutant D33N from Methanosarcina mazei | ||||||
![]() | Conserved protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rib7 / riboflavin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yeh, T.M. / Chen, S.C. / Chang, T.H. / Huang, M.F. / Liaw, S.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of archaeal Rib7 and eubacterial RibG reductases in riboflavin biosynthesis: Substrate specificity and cofactor preference. 著者: Chen, S.C. / Yen, T.M. / Chang, T.H. / Liaw, S.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26104.125 Da / 分子数: 6 / 変異: D33N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88 遺伝子: MM_0826 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 % Tacsimate (pH 7.0), 10 % PEG 5000, and 100 mM HEPES (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 141352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XUX 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.783 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.209 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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