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- PDB-5xu6: Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xu6
タイトルCrystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase (IPK1) from Cryptococcus neoformans
要素Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
キーワードTRANSFERASE / Inositol 1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / IPK1 / Inositol phosphate kinase
機能・相同性inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase activity / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / ATP binding / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
機能・相同性情報
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Oh, J. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01101901 韓国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from Cryptococcus neoformans.
著者: Oh, J. / Lee, D.G. / Bahn, Y.S. / Rhee, S.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
C: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
D: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,07613
ポリマ－187,2114
非ポリマー8659
水6,431357
1
A: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9953
ポリマ－46,8031
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9953
ポリマ－46,8031
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0914
ポリマ－46,8031
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9953
ポリマ－46,8031
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.810, 59.740, 379.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-669-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA19 - 415
211chain BB19 - 414
311chain CC13 - 415
411chain DD13 - 415

-
要素

#1: タンパク質
Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / variant


分子量: 46802.840 Da / 分子数: 4 / 変異: Q64A, E66A, E67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_01294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VKS8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 2.2 M ammonium sulfate, 50 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50.61 Å / Num. obs: 88651 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 322811 / Scaling rejects: 207
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.393.70.6241687645920.5010.3770.7331.699
12.66-50.612.50.08411504640.9750.060.1049.873.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→37.37 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 4401 4.97 %
Rwork0.2342 84212 -
obs0.2358 88613 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.71 Å2 / Biso mean: 52.2376 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11380 0 45 357 11782
Biso mean--69.45 45.01 -
残基数----1477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05915880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8864198
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6456X-RAY DIFFRACTION13.576TORSIONAL
12B6456X-RAY DIFFRACTION13.576TORSIONAL
13C6456X-RAY DIFFRACTION13.576TORSIONAL
14D6456X-RAY DIFFRACTION13.576TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.37670.32281240.30892800292499
2.3767-2.40470.34391460.30832798294499
2.4047-2.4340.35891390.29452781292099
2.434-2.46480.31451410.292728292970100
2.4648-2.49720.3191330.292828462979100
2.4972-2.53140.36021320.2812760289299
2.5314-2.56760.27761470.2842830297799
2.5676-2.60590.31341470.27542822296999
2.6059-2.64660.32941620.291627602922100
2.6466-2.690.33551580.28122826298499
2.69-2.73630.31171620.2682795295799
2.7363-2.78610.29981700.26022734290499
2.7861-2.83960.30031620.265528332995100
2.8396-2.89760.31051420.25722796293899
2.8976-2.96060.29041200.2612807292798
2.9606-3.02940.31411220.26982804292699
3.0294-3.10510.33781550.25562827298299
3.1051-3.1890.30581660.26522783294999
3.189-3.28280.28261220.25562800292298
3.2828-3.38870.29491460.24532791293799
3.3887-3.50980.25311440.22692825296998
3.5098-3.65020.28851630.22022768293198
3.6502-3.81610.2011460.20982777292399
3.8161-4.01710.25071370.21012854299198
4.0171-4.26850.22311450.19162839298499
4.2685-4.59750.19141460.19142847299399
4.5975-5.05920.22421550.19152827298299
5.0592-5.78890.26011520.20722842299499
5.7889-7.28450.26111570.23352908306599
7.2845-37.3750.2251600.20952703286391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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