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- PDB-5xtg: Crystal structure of the cis-dihydrodiol naphthalene dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xtg
タイトルCrystal structure of the cis-dihydrodiol naphthalene dehydrogenase NahB from Pseudomonas sp. MC1 in the presence of NAD+ and 2,3-dihydroxybiphenyl
要素2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tetramer / cis-dihydrodiol naphthalene dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL-2,3-DIOL / CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. MC1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.318 Å
データ登録者Park, A.K. / Kim, H.-W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Korea Polar Research InstitutePE17080 韓国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of cis-dihydrodiol naphthalene dehydrogenase (NahB) from Pseudomonas sp. MC1: Insights into the early binding process of the substrate
著者: Park, A.K. / Kim, H. / Kim, I.S. / Roh, S.J. / Shin, S.C. / Lee, J.H. / Park, H. / Kim, H.W.
履歴
登録2017年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8634
ポリマ－29,8211
非ポリマー1,0423
水61334
1
B: 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,45216
ポリマ－119,2854
非ポリマー4,16712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area20460 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.082, 70.082, 119.181
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase


分子量: 29821.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. MC1 (バクテリア)
遺伝子: nahB, pYIC1_37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9G7I7
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-BPY / BIPHENYL-2,3-DIOL / 2,3-ジヒドロキシビフェニル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: ammonium citrate tribasic, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 13507 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 22.6 % / Biso Wilson estimate: 44.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 2.681 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 305059
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3415.31.0274110.9190.2491.0591.47860.4
2.34-2.3819.60.9886590.9720.2161.0121.5100
2.38-2.4320.91.066810.9690.2281.0841.44100
2.43-2.4822.10.926620.9810.1940.9411.511100
2.48-2.5323.50.826640.9840.170.8381.567100
2.53-2.5924.60.796860.9860.1610.8071.663100
2.59-2.6625.60.76780.9930.140.7151.64100
2.66-2.7325.90.6116640.9910.1220.6231.782100
2.73-2.8126.10.5386900.9930.1070.5481.86100
2.81-2.926.20.4016790.9960.080.4091.951100
2.9-3260.336860.9960.0660.3372.127100
3-3.1225.60.2446740.9980.0490.2492.489100
3.12-3.2625.40.2076830.9960.0420.2122.846100
3.26-3.4424.70.1526990.9990.0310.1553.226100
3.44-3.6521.70.1316940.9980.0290.1353.91100
3.65-3.9320.50.1046970.9980.0240.1074.44599.9
3.93-4.3320.50.0826960.9990.0190.0854.68699.3
4.33-4.95190.0727100.9970.0170.0745.08898.9
4.95-6.2419.30.0697250.9980.0160.0714.63999.7
6.24-5017.30.067690.9990.0140.0614.44595.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y93

2y93


解像度: 2.318→30.206 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 662 4.94 %
Rwork0.1743 12744 -
obs0.1767 13406 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.93 Å2 / Biso mean: 58.1046 Å2 / Biso min: 30.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.318→30.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 102 34 1876
Biso mean--82.07 51.79 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3332499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6971078
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3175-2.49640.29031350.21172492262799
2.4964-2.74750.24821190.20225102629100
2.7475-3.14470.29821240.20325372661100
3.1447-3.96060.221320.18482537266999
3.9606-30.20830.19151520.14922668282098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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