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- PDB-5xsj: XylFII-LytSN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xsj
タイトルXylFII-LytSN complex
要素
  • Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
  • Signal transduction histidine kinase, LytS
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Two component system / histidine kinase / signal transmission across the membrane / D-xylose uptake
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / carbohydrate binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, internal region / Histidine kinase / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Signal transduction histidine kinase, internal region / Histidine kinase / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Periplasmic binding protein-like I / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Li, J.X. / Wang, C.Y. / Zhang, P.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670755 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31322016 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630003 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31421061 中国
the Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC006 中国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Molecular mechanism of environmental d-xylose perception by a XylFII-LytS complex in bacteria
著者: Li, J. / Wang, C. / Yang, G. / Sun, Z. / Guo, H. / Shao, K. / Gu, Y. / Jiang, W. / Zhang, P.
履歴
登録2017年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年9月15日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
L: Signal transduction histidine kinase, LytS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7873
ポリマ－50,6372
非ポリマー1501
水4,720262
1
X: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
L: Signal transduction histidine kinase, LytS
ヘテロ分子

X: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator
L: Signal transduction histidine kinase, LytS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5746
ポリマ－101,2744
非ポリマー3002
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area6260 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.681, 143.688, 87.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-369-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator


分子量: 33704.441 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (strain ATCC 51743 / NCIMB 8052) (バクテリア)
株: ATCC 51743 / NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_2377 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6LW07
#2: タンパク質 Signal transduction histidine kinase, LytS


分子量: 16932.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (strain ATCC 51743 / NCIMB 8052) (バクテリア)
株: ATCC 51743 / NCIMB 8052 / 遺伝子: Cbei_2378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6LW08
#3: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33221 / % possible obs: 97.87 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 14.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000data processing
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.202→45.182 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1999 6.02 %
Rwork0.1942 --
obs0.1956 33211 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→45.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3066 0 10 262 3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0584209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3461172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2021-2.25710.23871150.24651792X-RAY DIFFRACTION80
2.2571-2.31810.28391310.24872042X-RAY DIFFRACTION91
2.3181-2.38640.27761430.23942243X-RAY DIFFRACTION100
2.3864-2.46340.25311440.23272244X-RAY DIFFRACTION100
2.4634-2.55140.24891450.23012271X-RAY DIFFRACTION100
2.5514-2.65360.25571450.23112255X-RAY DIFFRACTION100
2.6536-2.77430.2271450.21942259X-RAY DIFFRACTION100
2.7743-2.92050.25621450.22282262X-RAY DIFFRACTION100
2.9205-3.10350.24251450.21662271X-RAY DIFFRACTION100
3.1035-3.3430.24141460.20512271X-RAY DIFFRACTION100
3.343-3.67930.20321460.17412282X-RAY DIFFRACTION100
3.6793-4.21140.16891470.16022296X-RAY DIFFRACTION100
4.2114-5.30460.1741490.15442318X-RAY DIFFRACTION100
5.3046-45.19110.22461530.18712406X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.6378 Å / Origin y: -22.8289 Å / Origin z: -15.6264 Å
111213212223313233
T0.2459 Å20.0493 Å20.0252 Å2-0.2545 Å2-0.0133 Å2--0.2608 Å2
L0.8224 °2-0.3386 °20.7417 °2-1.075 °2-0.9945 °2--1.7421 °2
S-0.0387 Å °-0.0467 Å °-0.0362 Å °0.163 Å °0.0928 Å °-0.018 Å °-0.1047 Å °-0.0062 Å °-0.0564 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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