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- PDB-5xqj: Crystal structure of a PL 26 exo-rhamnogalacturonan lyase from Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xqj
タイトルCrystal structure of a PL 26 exo-rhamnogalacturonan lyase from Penicillium chrysogenum complexed with unsaturated galacturonosyl rhamnose substituted with galactose
要素Pcrglx protein
キーワードLYASE / exo-rhamnogalacturonan lyase / enzyme / pectin / SAD / Se
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YetA-like protein / : / : / : / PcRGLX-like N-terminal RIFT barrel domain / PcRGLX-like protein central beta sandwich domain / PcRGLX-like protein C-terminal alpha/alpha toroid domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Exo-rhamnogalacturonan lyase / Pc16g08050 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kunishige, Y. / Iwai, M. / Tada, T. / Nishimura, S. / Sakamoto, T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of exo-rhamnogalacturonan lyase from Penicillium chrysogenum as a member of polysaccharide lyase family 26
著者: Kunishige, Y. / Iwai, M. / Nakazawa, M. / Ueda, M. / Tada, T. / Nishimura, S. / Sakamoto, T.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pcrglx protein
B: Pcrglx protein
C: Pcrglx protein
D: Pcrglx protein
E: Pcrglx protein
F: Pcrglx protein
G: Pcrglx protein
H: Pcrglx protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)809,03624
ポリマ－805,4548
非ポリマー3,58116
水13,439746
1
A: Pcrglx protein
D: Pcrglx protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,2186
ポリマ－201,3642
非ポリマー8554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area58290 Å2
手法PISA
2
B: Pcrglx protein
C: Pcrglx protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,2186
ポリマ－201,3642
非ポリマー8554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11810 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area58050 Å2
手法PISA
3
E: Pcrglx protein
H: Pcrglx protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,2186
ポリマ－201,3642
非ポリマー8554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11860 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area58610 Å2
手法PISA
4
F: Pcrglx protein
G: Pcrglx protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,3816
ポリマ－201,3642
非ポリマー1,0174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area58430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.616, 171.800, 342.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pcrglx protein


分子量: 100681.797 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 22-927 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium chrysogenum (菌類) / 遺伝子: Pcrglx, EN45_041150 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C6EFY4, UniProt: B6H7Q7*PLUS
#2: 多糖
2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-2)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 468.407 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2211m-1a_1-5][a21eEA-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a2-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap]{[(2+1)][b-L-4-deoxy-IdopA]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-2)-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 306.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2211m-1a_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap]{[(2+1)][b-L-4-deoxy-IdopA]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.3M Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→171.17 Å / Num. obs: 255645 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 6.57 / Num. unique obs: 12654 / CC1/2: 0.974 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XQ3

5xq3


解像度: 2.75→171.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.858 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.121 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26197 12900 5.1 %RANDOM
Rwork0.19583 ---
obs0.19921 242395 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→171.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56056 0 239 746 57041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01958102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0251760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.93579348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0513118971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1657149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26723.9232832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.85158431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.99815324
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.28412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02167198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0214216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4613.69828578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.463.69828577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8085.5435688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8085.54135689
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4323.79229524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4323.79229525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8185.63143646
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.49341.84265667
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.4941.84665622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 921 -
Rwork0.278 17830 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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