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- PDB-5xoq: Crystal structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase with bound Tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xoq
タイトルCrystal structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase with bound Transcription Factor peptide inhibitor from Planctomyces limnophilus
要素
  • Cysteine synthase
  • GLY-PHE-SER-GLY-GLY-ASP-GLY-ILE
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CysK / OASS / Transcription Factor / Tf peptide / Cysteine Synthase / Planctomyces limnophilus / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold ...Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Planctopirus limnophila
Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Singh, R.P. / Saini, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
CSIR インド
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase with bound Transcription Factor peptide inhibitor from Planctomyces limnophilus
著者: Singh, R.P. / Saini, N.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase with bound peptide of C-term transcription factor as inhibitor from planctomyces limnophilus
著者: Singh, R.P. / Saini, N.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
C: GLY-PHE-SER-GLY-GLY-ASP-GLY-ILE
D: GLY-PHE-SER-GLY-GLY-ASP-GLY-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6756
ポリマ－67,4634
非ポリマー2122
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.041, 99.686, 125.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase / O-Acetylserine Sulfhydrylase


分子量: 33022.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctopirus limnophila (strain ATCC 43296 / DSM 3776 / IFAM 1008 / 290) (バクテリア)
株: ATCC 43296 / DSM 3776 / IFAM 1008 / 290 / 遺伝子: Plim_3256 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5STP0, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド GLY-PHE-SER-GLY-GLY-ASP-GLY-ILE


分子量: 708.720 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 100mM Tris pH8.5, 200mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→25.22 Å / Num. obs: 54061 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 1.1 % / Biso Wilson estimate: 18.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.956 / Net I/av σ(I): 22.6 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 4.61 / Num. unique obs: 2483 / CC1/2: 1 / Χ2: 0.7 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XA2

5xa2


解像度: 1.87→25.216 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 2732 5.05 %
Rwork0.1623 --
obs0.1642 54056 93.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→25.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4705 0 14 393 5112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074809
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8226510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9862884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007845
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8705-1.90270.2459910.19521829X-RAY DIFFRACTION67
1.9027-1.93730.21431070.18561930X-RAY DIFFRACTION72
1.9373-1.97460.21421240.16682104X-RAY DIFFRACTION78
1.9746-2.01490.24071150.16842212X-RAY DIFFRACTION81
2.0149-2.05870.21271240.16832291X-RAY DIFFRACTION85
2.0587-2.10650.21091230.16262440X-RAY DIFFRACTION89
2.1065-2.15920.23191440.16892520X-RAY DIFFRACTION94
2.1592-2.21750.21011410.17282701X-RAY DIFFRACTION98
2.2175-2.28270.21461250.17392734X-RAY DIFFRACTION99
2.2827-2.35640.22891670.1652694X-RAY DIFFRACTION100
2.3564-2.44050.21121560.16912724X-RAY DIFFRACTION100
2.4405-2.53810.2061470.16782738X-RAY DIFFRACTION100
2.5381-2.65350.19471410.16572764X-RAY DIFFRACTION100
2.6535-2.79330.21781500.1642729X-RAY DIFFRACTION100
2.7933-2.9680.19481520.17242748X-RAY DIFFRACTION100
2.968-3.19680.18781410.17162785X-RAY DIFFRACTION100
3.1968-3.51770.1821270.16722791X-RAY DIFFRACTION100
3.5177-4.02490.18911690.14332782X-RAY DIFFRACTION100
4.0249-5.06420.18051310.13912849X-RAY DIFFRACTION100
5.0642-25.21780.17761570.15992959X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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