PDB-5xoa: Thanatin M21F in complex with LPS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xoa

タイトル

Thanatin M21F in complex with LPS

要素

Thanatin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Antibacterial peptide

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / Thanatin

機能・相同性情報

生物種

Podisus maculiventris (昆虫)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Sinha, S. / Bhattacharyya, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thanatin M21F in complex with LPS
著者: Sinha, S. / Bhattacharyya, S.

履歴

登録	2017年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xoa.cif.gz	315.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xoa.ent.gz	270.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xoa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xoa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cgo-d 7jsq-d 3ltb-d 2lfk-d 2eog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36092Thanatin M21F in complex with LPS

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thanatin

B: Thanatin

4.92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Thanatin 分子量: 2457.962 Da / 分子数: 2 / 変異: M21F / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Podisus maculiventris (昆虫) / 参照: UniProt: P55788

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D tr-NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D-TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 400 uM Thanatin M21F-LPS, 90% H2O/10% D2O / Label: Thanatin M21F-LPS / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 400 uM / 構成要素: Thanatin M21F-LPS / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	データ解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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