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- PDB-5xmt: Plasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS380 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xmt
タイトルPlasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS380
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha and beta protein / methyltransferase activity / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methyltransferase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / methylation / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8B0 / Chem-PLG / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
Model detailsPlasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS362
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Leartsakulpanich, U. / Schwertz, G. / Diederich, F.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
National Science and Technology development AgencyCPMO-P-13-00835 タイ
National Center for Genetic Engineering and BiotechnologyPlatform P-14-50241 タイ
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Conformational Aspects in the Design of Inhibitors for Serine Hydroxymethyltransferase (SHMT): Biphenyl, Aryl Sulfonamide, and Aryl Sulfone Motifs
著者: Schwertz, G. / Frei, M.S. / Witschel, M.C. / Rottmann, M. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Ittarat, W. / Schafer, A. / Aponte, R.A. / Trapp, N. / Mark, K. / Chaiyen, P. / Diederich, F.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,12711
ポリマ－147,7473
非ポリマー2,3808
水5,531307
1
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0737
ポリマ－98,4982
非ポリマー1,5755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area29820 Å2
手法PISA
2
C: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子

C: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1098
ポリマ－98,4982
非ポリマー1,6106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.578, 58.613, 236.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-503-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase


分子量: 49249.160 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-442 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_140059500, PVP01_1453700, PVT01_140059000 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1G4H5I1, UniProt: A5K8L9*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-8B0 / (4~{S})-6-azanyl-4-[3-(2-cyanophenyl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-methyl-4-propan-2-yl-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyrazole-5-carbonitrile / (s)-6-amino-4-(2'-cyano-5-(trifluoromethyl)-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-isopropyl-3-methyl-2,4-dihydropyrano[2,3-c]pyrazole-5-carbonitrile


分子量: 463.454 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20F3N5O
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 % / Mosaicity: 0.432 °
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG4000, 0.06-0.12M NaCl, 0.1M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 42088 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.03 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.644.70.0590.9970.0270.0650.67780.7
2.64-2.754.50.0510.9970.0240.0570.73681.9
2.75-2.874.40.0430.9980.0210.0480.884.3
2.87-3.024.30.0390.9980.0190.0430.85788.3
3.02-3.214.20.0320.9980.0150.0350.86693.4
3.21-3.464.30.0280.9980.0140.0320.90397.3
3.46-3.814.80.0260.9990.0130.0290.98398.5
3.81-4.365.40.0250.9990.0110.0270.98299.4
4.36-5.485.80.0280.9990.0120.0311.1999.2
5.48-3060.0190.9990.0080.0210.61599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tmr

4tmr


解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 11.861 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.395
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2716 4194 10 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.2023 37865 92.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.87 Å2 / Biso mean: 32.648 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10374 0 164 307 10845
Biso mean--33.22 27.83 -
残基数----1326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.97614524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.986323811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.40951323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61825.247486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.624151911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1451548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022424
LS精密化 シェル解像度: 2.554→2.62 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 268 -
Rwork0.243 2386 -
all-2654 -
obs--80.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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