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- PDB-5xm5: Crystal structure of Zinc binding protein ZinT at 1.49 Angstrom f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xm5
タイトルCrystal structure of Zinc binding protein ZinT at 1.49 Angstrom from E. coli
要素Metal-binding protein ZinT
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to zinc ion starvation / intracellular zinc ion homeostasis / cadmium ion binding / cellular response to cadmium ion / cellular response to hydrogen peroxide / outer membrane-bounded periplasmic space / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ZinT domain / ZinT (YodA) periplasmic lipocalin-like zinc-recruitment / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal-binding protein ZinT
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.493 Å
データ登録者Chen, J. / Wang, L. / Guo, J. / Xu, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
The National Natural Science Foundation of China31200556 中国
the Program for Liaoning Excellent Talents in UniversityLJQ2015030 中国
the Fundamental Research Funds for the Central UniversitiesDC201502020203 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Zinc binding protein ZinT at 1.49 Angstrom from E. coli
著者: Chen, J. / Wang, L. / Guo, J. / Xu, Y.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal-binding protein ZinT
B: Metal-binding protein ZinT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,25513
ポリマ－44,7482
非ポリマー50711
水9,350519
1
A: Metal-binding protein ZinT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6397
ポリマ－22,3741
非ポリマー2656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
2
B: Metal-binding protein ZinT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6166
ポリマ－22,3741
非ポリマー2425
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.021, 65.724, 73.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Metal-binding protein ZinT / Cadmium-induced protein ZinT


分子量: 22373.879 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residue 24-216 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: zinT, yodA, b1973, JW1956
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76344
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 22.5%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.135M ammonium acetate, and 0.1M sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: RIGAKU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.493→31.228 Å / Num. obs: 56913 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 13.319
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 16.37 / Num. unique obs: 54181 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
HKL-2000データ抽出
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4aw8

4aw8


解像度: 1.493→31.228 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 2008 3.53 %
Rwork0.1791 --
obs0.181 56913 89.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.493→31.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 11 519 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2494190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8491140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4935-1.53080.34541170.32873154X-RAY DIFFRACTION73
1.5308-1.57220.37221280.30483499X-RAY DIFFRACTION80
1.5722-1.61850.311290.26563574X-RAY DIFFRACTION83
1.6185-1.67070.32861360.24623741X-RAY DIFFRACTION86
1.6707-1.73040.33211430.23543806X-RAY DIFFRACTION88
1.7304-1.79970.29911410.21873842X-RAY DIFFRACTION88
1.7997-1.88160.26441410.20523986X-RAY DIFFRACTION91
1.8816-1.98080.27361480.19094029X-RAY DIFFRACTION93
1.9808-2.10490.24771530.17254108X-RAY DIFFRACTION95
2.1049-2.26730.22661530.16664178X-RAY DIFFRACTION95
2.2673-2.49540.25151490.16574191X-RAY DIFFRACTION96
2.4954-2.85630.23371550.1714241X-RAY DIFFRACTION97
2.8563-3.59780.20981570.15924299X-RAY DIFFRACTION98
3.5978-31.23480.1711580.14714257X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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